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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎样查找一个属的外群啊
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一生的约定

金虫 (小有名气)

[求助] 怎样查找一个属的外群啊 已有2人参与

各位大侠，请问怎样查找同一个属的外群啊
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广交益友，多多学习！
1楼 2015-05-23 09:20:20
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不知道怎么选的时候，一个简单的方法就是看文献中别人做这个属的菌的分子鉴定时用的是哪个外群，然后你直接用。
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一生的约定
3楼2015-05-23 10:26:26
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一生的约定

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-05-23 10:26:26
不知道怎么选的时候，一个简单的方法就是看文献中别人做这个属的菌的分子鉴定时用的是哪个外群，然后你直接用。

我是用别人文献中的外群，可是构建的树还是不行啊，郁闷
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广交益友，多多学习！
4楼2015-05-23 20:22:15
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一生的约定

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-05-23 10:18:12
同一科下的平行属可作为外围群

就是不知道怎么找，用文献中的外群都不行，我就郁闷了
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广交益友，多多学习！
5楼2015-05-23 20:23:19
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 一生的约定 at 2015-05-23 20:23:19
就是不知道怎么找，用文献中的外群都不行，我就郁闷了...

NCBI有个taxonomy库，在那个库里搜你的物种，然后根据树图可以了解到和你物种亲缘近的物种及其他属。或者用你的序列做完blastn比对后，在比对页面有taxonomy信息，点击进去查看。
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一生的约定
6楼2015-05-23 20:35:41
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