| 查看: 8766 | 回复: 9 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
jillshuai金虫 (小有名气)
|
[求助]
小弟刚学高通量测序的分析，但是分析出来的结果图片看不懂呀求大神指教 已有2人参与
|
|
|
稀释曲线，丰度分析曲线，Alpha多样性，beta分析，Venn,PCoA,heatmap 我是跨专业的准研一，老师让我做这方面的，不懂呀，特地求职大神们帮忙， 1、这些东西都怎么看？ 2、有什么高通量测序的书籍可以自己学习 3qiime有木有中文的教程？英语烂成狗。。。 谢过了ory |
回复此楼» 猜你喜欢
招收博士1-2人
已经有4人回复
-
08工科 320总分 求调剂
已经有7人回复
-
生物学一志愿985，分数349求调剂
已经有7人回复
-
0856材料专硕353求调剂
已经有4人回复
-
山东省面上项目限额评审
已经有4人回复
-
一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂
已经有5人回复
-
生物学071000 329分求调剂
已经有4人回复
-
一志愿华中科技大学071000，求调剂
已经有4人回复
-
生物学调剂
已经有4人回复
-
求调剂院校信息
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Jade分析XRD 选元素分析的时候结果出不来
已经有8人回复
- 高通量测序 序列分析
已经有18人回复
- miRNA高通量测序分析时拷贝数的选取问题
已经有4人回复
- 初入电化学，求大神指教这个CV图的意义
已经有4人回复
- Illumina高通量RNA测序数据分析中不同标准化方法的综合比较
已经有6人回复
- 薄层层析（TLC），求大神指点~上面的两个点怎么样区分
已经有46人回复
- 分子筛NH3吸附图谱分析
已经有7人回复
- 高通量测序中“群落结构分析柱状图”是如何做的啊
已经有11人回复
- Ansys分析结果图，求指导怎么看！！
已经有8人回复
- 在做分子筛的孔径分布测定时，得出来的H-K图结果自己看不懂，请哪位高手给分析一下
已经有10人回复
- 高通量测序分析微生物物种的丰度
已经有13人回复
- 【求助】看不懂文章极图分析，请帮忙解释一下！(图片已能显示)
已经有12人回复
3楼2015-05-18 14:50:37
jillshuai
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 864
- 帖子: 80
- 在线: 28.1小时
- 虫号: 2646984
- 注册: 2013-09-11
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
4楼2015-05-18 22:54:34
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
OTU (Operational Taxonomic Units) 指系统发生学研究或群体遗传学研究中为了便于分析，人为给某一个分类单元（科、目、属、种）设置的同一标志。一般来说，测序得到的每一条序列来自一个菌。要了解一个样品测序结果中的菌种、菌属等数目信息，就需要对序列进行归类操作(Cluster ) ，通过归类操作，将序列按照彼此的相似性分归为许多小组，一个小组就是一个OTU。 Alpha多样性分析（Alpha-diversity） 常用指数： 计算菌群丰度（Community richness） Chao：常用于估计物种总数 计算菌群多样性(Community diversity) Simpson：估计样品中微生物多样性的指数直译，在生态学中用来定量描述一个区域的生物多样性。Simpson指数越大，说明群落多样性越低 Shannon：Shannon指数越大，说明群落多样性越高。Shannon曲线越高，说明样品具有更高的生物多样性。 测序深度指数： 测序深度指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，则获得的总数据量就是20M。 Coverage：指各样品文库的覆盖率，指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终凭借组装获得的序列往往无法覆盖所有的区域，这部分没有获得的区域就是gap。数值越高，样本中序列没有被检出的概率越低。该指数实际反映了测序结果是否代表样本的真实情况。 其中，n1 = 只含有一条序列的 OTU 的数目； N = 抽样中出现的总的序列数目。 稀释性曲线分析( Rarefaction Curve)——群落丰度Richness 默认在97%相似性水平下划分OTU并制作各样品的稀释曲线，以样本中随机抽取序列数为横坐标，相应的OTU数目为纵坐标，每条曲线是一个样本。稀释性曲线越高，说明群落丰度（richness）越高 Unclassified——通过数据库比对未能鉴定出已知细菌纲的序列为 Unclassified bacteria Others——相对含量小于1%的各个纲合并为Others Heatmap 热图分析 可以用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息，可以直观地将数据值的大小用定义的颜色深浅表示出来。通常需要将数据进行聚类，将聚类后的数据表示在heatmap上，通过颜色的梯度和相似程度来反应数据的相似性和差异性。 Beta多样性 Beta多样性指标是用来比较多组样本之间的差别度量，分析中通过三个方面来衡量样 本间Beta多样性，分别为本样本距离计算、样本聚类、样本PCA分析。该三类分析均是基于Unifrac metric，Unifrac metric是一种基于系统发育树的计算值，可很好的用于衡量样本间物种组成的相似度，参考文献见：Catherine Lozupone, Rob Knight. 2005.UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities. 都是我之前看文献的时候查的一些词，具体分析的话还是要看文献，慢慢就理解了…… |
5楼2015-05-20 09:54:11
6楼2015-05-22 20:31:35
