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jillshuai金虫 (小有名气)
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小弟刚学高通量测序的分析，但是分析出来的结果图片看不懂呀求大神指教 已有2人参与
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稀释曲线，丰度分析曲线，Alpha多样性，beta分析，Venn,PCoA,heatmap 我是跨专业的准研一，老师让我做这方面的，不懂呀，特地求职大神们帮忙， 1、这些东西都怎么看？ 2、有什么高通量测序的书籍可以自己学习 3qiime有木有中文的教程？英语烂成狗。。。 谢过了ory |
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2楼2015-05-17 22:58:54
3楼2015-05-18 14:50:37
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4楼2015-05-18 22:54:34
【答案】应助回帖
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OTU (Operational Taxonomic Units) 指系统发生学研究或群体遗传学研究中为了便于分析，人为给某一个分类单元（科、目、属、种）设置的同一标志。一般来说，测序得到的每一条序列来自一个菌。要了解一个样品测序结果中的菌种、菌属等数目信息，就需要对序列进行归类操作(Cluster ) ，通过归类操作，将序列按照彼此的相似性分归为许多小组，一个小组就是一个OTU。 Alpha多样性分析（Alpha-diversity） 常用指数： 计算菌群丰度（Community richness） Chao：常用于估计物种总数 计算菌群多样性(Community diversity) Simpson：估计样品中微生物多样性的指数直译，在生态学中用来定量描述一个区域的生物多样性。Simpson指数越大，说明群落多样性越低 Shannon：Shannon指数越大，说明群落多样性越高。Shannon曲线越高，说明样品具有更高的生物多样性。 测序深度指数： 测序深度指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，则获得的总数据量就是20M。 Coverage：指各样品文库的覆盖率，指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终凭借组装获得的序列往往无法覆盖所有的区域，这部分没有获得的区域就是gap。数值越高，样本中序列没有被检出的概率越低。该指数实际反映了测序结果是否代表样本的真实情况。 其中，n1 = 只含有一条序列的 OTU 的数目； N = 抽样中出现的总的序列数目。 稀释性曲线分析( Rarefaction Curve)——群落丰度Richness 默认在97%相似性水平下划分OTU并制作各样品的稀释曲线，以样本中随机抽取序列数为横坐标，相应的OTU数目为纵坐标，每条曲线是一个样本。稀释性曲线越高，说明群落丰度（richness）越高 Unclassified——通过数据库比对未能鉴定出已知细菌纲的序列为 Unclassified bacteria Others——相对含量小于1%的各个纲合并为Others Heatmap 热图分析 可以用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息，可以直观地将数据值的大小用定义的颜色深浅表示出来。通常需要将数据进行聚类，将聚类后的数据表示在heatmap上，通过颜色的梯度和相似程度来反应数据的相似性和差异性。 Beta多样性 Beta多样性指标是用来比较多组样本之间的差别度量，分析中通过三个方面来衡量样 本间Beta多样性，分别为本样本距离计算、样本聚类、样本PCA分析。该三类分析均是基于Unifrac metric，Unifrac metric是一种基于系统发育树的计算值，可很好的用于衡量样本间物种组成的相似度，参考文献见：Catherine Lozupone, Rob Knight. 2005.UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities. 都是我之前看文献的时候查的一些词，具体分析的话还是要看文献，慢慢就理解了…… |
5楼2015-05-20 09:54:11
6楼2015-05-22 20:31:35
jillshuai
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