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sulisha_agrh新虫 (小有名气)
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vasp分割DOSCAR和PROCAR 救助 已有1人参与
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在设置LORBIT =11的情况下得到的分波态密度数据中，第一列示能量第二列示s轨道的dos那么第三四五列示px－py－pz（因为PROCAR中貌似是按s－-py-pz-px-dxy-dyz-dz2.....的顺序）吗用网上流传的split_dos.py处理，PORCAR用dos_procar.f处理，后附代码求大神罩我 #!/usr/bin/env python import numpy as np import ase ### READ DOSCAR ### def read_dosfile(): f = open("DOSCAR", 'r') lines = f.readlines() f.close() index = 0 natoms = int(lines[index].strip().split()[0]) index = 5 nedos = int(lines[index].strip().split()[2]) efermi = float(lines[index].strip().split()[3]) print natoms, nedos, efermi return lines, index, natoms, nedos, efermi ###READ POSCAR or CONTCAR and save pos def read_posfile(): from ase.io import read try: atoms = read('POSCAR') except IOError: print "[__main__]: Couldn't open input file POSCAR, atomic positions will not be written...\n" atoms = [] return atoms ### WRITE DOS0 CONTAINING TOTAL DOS ### def write_dos0(lines, index, nedos, efermi): fdos = open("DOS0", 'w') index +=1 line = lines[index+2].strip().split() ncols = int(len(line)) fdos.write('# %d \n' % (ncols)) for n in xrange(1,nedos): index +=1 e = float(lines[index].strip().split()[0]) e_f = e-efermi fdos.write('%15.8f ' % (e_f)) for col in xrange(1, ncols): dos = float(lines[index].strip().split()[col]) fdos.write('%15.8f ' % (dos)) col +=1 fdos.write('\n ') n +=1 return index ### LOOP OVER SETS OF DOS, NATOMS ### def write_nospin(lines, index, nedos, natoms, ncols, efermi): atoms = read_posfile() if len(atoms) < natoms: pos = np.zeros((natoms, 3)) else: pos = atoms.get_positions() for i in xrange(1,natoms+1): si = str(i) ## OPEN DOSi FOR WRITING ## fdos = open("DOS"+si, 'w') index +=2 ia = i -1 fdos.write('# %d \n' % (ncols)) fdos.write('# %15.8f %15.8f %15.8f \n' % (pos[ia,0], pos[ia,1], pos[ia,2])) ### LOOP OVER NEDOS ### for n in xrange(1,nedos): index +=1 e = float(lines[index].strip().split()[0]) e_f = e-efermi fdos.write('%15.8f ' % (e_f)) for col in xrange(1, ncols): dos = float(lines[index].strip().split()[col]) fdos.write('%15.8f ' % (dos)) col +=1 fdos.write('\n ') n +=1 i+=1 fdos.close() def write_spin(lines, index, nedos, natoms, ncols, efermi): #pos=[] atoms = read_posfile() if len(atoms) < natoms: pos = np.zeros((natoms, 3)) else: pos = atoms.get_positions() nsites = (ncols -1)/2 for i in xrange(1,natoms+1): si = str(i) ## OPEN DOSi FOR WRITING ## fdos = open("DOS"+si, 'w') index +=2 ia = i-1 fdos.write('# %d \n' % (ncols)) fdos.write('# %15.8f %15.8f %15.8f \n' % (pos[ia,0], pos[ia,1], pos[ia,2])) ### LOOP OVER NEDOS ### for n in xrange(1,nedos): index +=1 e = float(lines[index].strip().split()[0]) e_f = e-efermi fdos.write('%15.8f ' % (e_f)) for col in xrange(1, nsites): dos_up = float(lines[index].strip().split()[col]) dos_down = float(lines[index].strip().split()[col+1])*-1 fdos.write('%15.8f %15.8f ' % (dos_up, dos_down)) col +=1 fdos.write('\n ') n +=1 i+=1 fdos.close() # if __name__ == '__main__': import sys import os import datetime import time import optparse lines, index, natoms, nedos, efermi = read_dosfile() index = write_dos0(lines, index, nedos, efermi) ##Test if there a spin calculation was performed ## line = lines[index+2].strip().split() ncols = int(len(line)) if ncols==7 or ncols==19 or ncols==9 or ncols==33: write_spin(lines, index, nedos, natoms, ncols, efermi) is_spin=True else: write_nospin(lines, index, nedos, natoms, ncols, efermi) is_spin=False print "Spin unrestricted calculation: ", is_spin #if is_spin: # write_spin(lines, index, ncols, natoms, nedos, efermi) #else: # write_nospin(lines, index, ncols, natoms, nedos, efermi) |
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上边的是split_dos.py代码下边贡献一个split_dos(需要vp）代码 #!/bin/ksh # Script to break the VASP DOSCAR file into segments for # each atomic site. # JMS NRL 5/0/02 # Modified to also align the Fermi level from the ground state # to E=0.0 # JMS NRL 6/19/02 # Modified to be compatible to LORBIT=11 # weibingchen.thu@gmail.com # 2009.11.1 # Executables reside here #BIN=~/bin/vtstscripts # GH: replace this so that it looks for vp in the same directory as this script EXE=$0 BIN=${EXE%/*} if [ $# -ne 0 ]; then "split_dos" 230L, 5859C |
2楼2015-04-29 18:43:30
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4楼2015-04-30 19:21:56
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