应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 从PROCAR中提取态密度的shell代码
431/1返回列表
查看: 4596  |  回复: 42
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【奖励】 本帖被评价34次，作者redsnowolf增加金币 26.2 个

redsnowolf

银虫 (小有名气)

[资源] 从PROCAR中提取态密度的shell代码

压缩包中getTdos.sh、getPdos.sh和getLdos.sh分别用来计算体系的total dos、partial dos和单个原子（可指定）的

态密度，后两个需要POSCAR文件。

输入：依次输入所要计算的能量范围、费米能级、采样点数、高斯展宽，getLdos.sh还需要指定原子（默认每个原子都

计算）。

本人用的是vasp 5.2，INCAR中设置了LSORBIT = .TRUE. 和 LORBIT = 11，所得文件格式如下

PROCAR file：
PROCAR lm decomposed
# of k-points: 2925         # of bands:  28         # of ions:   2

k-point    1 :    0.00000000 0.00000000 0.00000000     weight = 0.00006400

band   1 # energy  -13.01545745 # occ.  1.00000000

ion      s     py     pz     px    dxy    dyz    dz2    dxz    dx2    tot
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.182  0.210  0.209  0.193  0.182  0.976
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.182  0.210  0.209  0.193  0.183  0.976
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.008  0.210  0.154 -0.016 -0.008  0.348
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.008  0.210  0.154 -0.016 -0.008  0.348
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.017  0.009  0.128  0.192 -0.017  0.329
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.017  0.009  0.128  0.192 -0.017  0.329
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.181 -0.006 -0.058  0.002  0.182  0.301
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.181 -0.006 -0.058  0.002  0.182  0.301

band   2 # energy  -13.01542280 # occ.  1.00000000

ion      s     py     pz     px    dxy    dyz    dz2    dxz    dx2    tot
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.208  0.180  0.182  0.197  0.209  0.976
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.208  0.180  0.182  0.197  0.209  0.976
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000 -0.053  0.172  0.097  0.000  0.053  0.269
tot  0.000  0.000  0.000  0.000 -0.053  0.172  0.097  0.000  0.053  0.269
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000 -0.198 -0.008 -0.029  0.048  0.199  0.012
tot  0.000  0.000  0.000  0.000 -0.198 -0.008 -0.029  0.048  0.199  0.012
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.034 -0.053  0.152 -0.191  0.035 -0.023
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.034 -0.053  0.152 -0.191  0.035 -0.023

band   3 # energy  -13.01541343 # occ.  1.00000000
......

如果是几个PROCAR合并到一起的，需要把k-points那儿改成总的k点数。不知道为什么PROCAR中每个band下每个原子有4组值（对应代码里的flag）。。。

POSCAR file：
POSCAR第6行需要是每种原子的数目，有些第6行是原子种类名称第7行才是数目，这样把原子名称那行删了就行了。

图中是DOSCAR中的和从PROCAR中计算的total dos比较，高斯展宽gauss=0.1 eV。

PS. 之前找了个getdos.f的Fortran程序，结果悲剧的发现完全不能用，不得已自己写了，本人Linux盲，现学的shell，希望有高手可以改得更效高些～
dos.jpg

[ Last edited by redsnowolf on 2012-9-8 at 18:53 ]
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : get_dos_from_procar_file.rar
    • 2012-09-08 18:47:46, 4.81 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理相关文档 @个人收集@ 分子动力学

» 猜你喜欢
1楼 2012-09-08 18:50:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有4个 )

chenweiguang

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这相当于自己又重新做了一遍DOS
不解的是DOSCAR里面不是已经有了吗？而且vasp提供了多种方法
我看到有些人使用PROCAR重新得到DOS，这样做的意义是什么呢
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-09 09:32:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfan2192

金虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

我也想知道PROCAR得到的DOS跟DOSCAR里面有什么不同？
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-09 10:49:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redsnowolf

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenweiguang at 2012-09-09 09:32:36
这相当于自己又重新做了一遍DOS
不解的是DOSCAR里面不是已经有了吗？而且vasp提供了多种方法
我看到有些人使用PROCAR重新得到DOS，这样做的意义是什么呢

算dos需要较高的k点密度，有时候体系大了计算资源又有限，不能一下子算出来，得把k点分开算，然后再通过procar得到态密度，我就遇到这种情况了。。。
赞一下 回复此楼
6楼2012-09-09 12:39:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redsnowolf

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangfan2192 at 2012-09-09 10:49:50
我也想知道PROCAR得到的DOS跟DOSCAR里面有什么不同？

我觉着按理应该一样的，可整出来的结果曲线总是有些差别，费解中。。。
赞一下 回复此楼
7楼2012-09-09 12:48:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

多谢分享~~~~~~
回复此楼
2楼2012-09-08 18:59:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hchuanqi

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
5楼2012-09-09 11:49:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SeanMa2010

铜虫 (初入文坛)
多谢分享，其实自己琢磨代码更能提高技巧
赞一下 回复此楼
9楼2012-09-13 10:41:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欧阳平平

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

占个座，以后可能会用到。
赞一下 回复此楼
12楼2013-05-03 15:18:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangsu123

铁虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶一下，感谢分享！还不错哦!
回复此楼
23楼2015-08-05 17:25:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
kingsix8楼
2012-09-11 21:42   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
105135818710楼
2013-03-14 19:10   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
105135818711楼
2013-04-03 10:13   回复  
顶一下，感谢分享！
欧阳平平13楼
2013-05-04 10:05   回复  
顶一下，感谢分享！
2008089014楼
2014-04-09 17:55   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
wangdading15楼
2014-04-24 09:34   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
shyzhhx1316楼
2014-05-15 15:05   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
哈哈呵呵哈哈17楼
2014-08-09 14:18   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
小康康18楼
2014-10-17 11:03   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
pyy11119楼
2014-11-07 21:14   回复  
三星好评  顶一下，感谢分享！
ridge888820楼
2014-11-22 21:17   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
右?J21楼
2014-11-26 14:41   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
dongbaojuan22楼
2014-12-21 22:49   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
txwang24楼
2015-08-18 22:46   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
cdxy25楼
2015-10-23 09:51   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
人生果26楼
2015-12-08 19:42   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
Lelims27楼
2015-12-28 16:45   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
lxy671abc28楼
2016-01-29 10:16   回复  
三星好评  顶一下，感谢分享！
lxy671abc29楼
2016-01-29 10:16   回复  
微醉的晨光30楼
2016-03-06 22:07   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
bandgap.BZ31楼
2016-03-14 19:19   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
haizhiwuyu32楼
2016-04-24 13:26   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
漫天飘雪33楼
2016-06-28 10:11   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
haizhiwuyu34楼
2016-06-29 11:00   回复  
顶一下，感谢分享！
园中园35楼
2016-07-07 17:28   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
小龙斯坦36楼
2016-07-12 11:46   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
Molly_Cao37楼
2016-07-17 16:51   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
kings0138楼
2016-07-19 15:44   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
园中园39楼
2016-07-30 18:58   回复  
顶一下，感谢分享！
lvxinyuabc40楼
2016-08-21 11:22   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
etna41楼
2016-10-01 14:51   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
kunijiang42楼
2017-02-16 15:34   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
西南flyer43楼
2017-04-03 15:39   回复  
五星好评  顶一下，感谢分享！
相关版块跳转 我要订阅楼主 redsnowolf 的主题更新
431/1返回列表
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭