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redsnowolf

银虫 (小有名气)


[资源] 从PROCAR中提取态密度的shell代码

压缩包中getTdos.sh、getPdos.sh和getLdos.sh分别用来计算体系的total dos、partial dos和单个原子(可指定)的

态密度,后两个需要POSCAR文件。

输入:依次输入所要计算的能量范围、费米能级、采样点数、高斯展宽,getLdos.sh还需要指定原子(默认每个原子都

计算)。

本人用的是vasp 5.2,INCAR中设置了LSORBIT = .TRUE. 和 LORBIT = 11,所得文件格式如下

PROCAR file:
PROCAR lm decomposed
# of k-points: 2925         # of bands:  28         # of ions:   2

k-point    1 :    0.00000000 0.00000000 0.00000000     weight = 0.00006400

band   1 # energy  -13.01545745 # occ.  1.00000000

ion      s     py     pz     px    dxy    dyz    dz2    dxz    dx2    tot
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.182  0.210  0.209  0.193  0.182  0.976
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.182  0.210  0.209  0.193  0.183  0.976
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.008  0.210  0.154 -0.016 -0.008  0.348
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.008  0.210  0.154 -0.016 -0.008  0.348
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.017  0.009  0.128  0.192 -0.017  0.329
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.017  0.009  0.128  0.192 -0.017  0.329
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.181 -0.006 -0.058  0.002  0.182  0.301
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.181 -0.006 -0.058  0.002  0.182  0.301

band   2 # energy  -13.01542280 # occ.  1.00000000

ion      s     py     pz     px    dxy    dyz    dz2    dxz    dx2    tot
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.208  0.180  0.182  0.197  0.209  0.976
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.208  0.180  0.182  0.197  0.209  0.976
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000 -0.053  0.172  0.097  0.000  0.053  0.269
tot  0.000  0.000  0.000  0.000 -0.053  0.172  0.097  0.000  0.053  0.269
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000 -0.198 -0.008 -0.029  0.048  0.199  0.012
tot  0.000  0.000  0.000  0.000 -0.198 -0.008 -0.029  0.048  0.199  0.012
  1  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
  2  0.000  0.000  0.000  0.000  0.034 -0.053  0.152 -0.191  0.035 -0.023
tot  0.000  0.000  0.000  0.000  0.034 -0.053  0.152 -0.191  0.035 -0.023

band   3 # energy  -13.01541343 # occ.  1.00000000
......

如果是几个PROCAR合并到一起的,需要把k-points那儿改成总的k点数。不知道为什么PROCAR中每个band下每个原子有4组值(对应代码里的flag)。。。

POSCAR file:
POSCAR第6行需要是每种原子的数目,有些第6行是原子种类名称第7行才是数目,这样把原子名称那行删了就行了。

图中是DOSCAR中的和从PROCAR中计算的total dos比较,高斯展宽gauss=0.1 eV。

PS. 之前找了个getdos.f的Fortran程序,结果悲剧的发现完全不能用,不得已自己写了,本人Linux盲,现学的shell,希望有高手可以改得更效高些~
dos.jpg

[ Last edited by redsnowolf on 2012-9-8 at 18:53 ]
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SeanMa2010

铜虫 (初入文坛)


多谢分享,其实自己琢磨代码更能提高技巧
9楼2012-09-13 10:41:03
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查看全部 43 个回答

huangll99

木虫 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

多谢分享~~~~~~
2楼2012-09-08 18:59:38
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chenweiguang

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

这相当于自己又重新做了一遍DOS
不解的是DOSCAR里面不是已经有了吗?而且vasp提供了多种方法
我看到有些人使用PROCAR重新得到DOS,这样做的意义是什么呢
3楼2012-09-09 09:32:36
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

我也想知道PROCAR得到的DOS跟DOSCAR里面有什么不同?
4楼2012-09-09 10:49:50
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kingsix8楼
2012-09-11 21:42   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
105135818710楼
2013-03-14 19:10   回复  
五星好评  顶一下,感谢分享!
105135818711楼
2013-04-03 10:13   回复  
顶一下,感谢分享!
2013-05-04 10:05   回复  
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2008089014楼
2014-04-09 17:55   回复  
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