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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求助VASP基本问题，急！！
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wmllr

金虫 (小有名气)

[求助] 求助VASP基本问题，急！！ 已有2人参与

我在用VASP算一个4x4的类石墨烯结构表面吸附一个三原子分子的问题，还停留在几何优化上，共使用8个核，但计算速度极慢，感觉和单机的速度差不多，电子很难收敛，以下是我的nohup文件和INCAR文件的设置，nohup文件第一行的warning是什么意思？基底和吸附结构我是分别优化之后才放在一起的，为什么还会算的这么慢呢？求大神帮助。
nohup.out文件的一部分

WARNING: Unable to read mpd.hosts or list of hosts isn't provided. MPI job will be run on the current machine only.
running on    8 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    8 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  3 types and   36 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.726763155688E+03    0.72676E+03   -0.33909E+04  2520   0.550E+02
DAV:   2    -0.531792977301E+02   -0.77994E+03   -0.74614E+03  3464   0.155E+02
DAV:   3    -0.164243744258E+03   -0.11106E+03   -0.10788E+03  2944   0.579E+01
DAV:   4    -0.170677151460E+03   -0.64334E+01   -0.63670E+01  3256   0.202E+01
DAV:   5    -0.170909689250E+03   -0.23254E+00   -0.23204E+00  3488   0.341E+00
DAV:   6    -0.170918095212E+03   -0.84060E-02   -0.84011E-02  3480   0.674E-01    0.359E+01
DAV:   7    -0.237577611800E+03   -0.66660E+02   -0.29439E+02  3240   0.729E+01    0.577E+01
DAV:   8    -0.145147607684E+03    0.92430E+02   -0.22476E+02  3128   0.517E+01    0.360E+01
DAV:   9    -0.139360699744E+03    0.57869E+01   -0.70471E+01  3456   0.101E+02    0.349E+01
DAV:  10    -0.130516999014E+03    0.88437E+01   -0.11300E+01  3312   0.873E+00    0.213E+01
DAV:  11    -0.138882301083E+03   -0.83653E+01   -0.30765E+01  3576   0.112E+01    0.213E+01
DAV:  12    -0.146196021374E+03   -0.73137E+01   -0.79004E+00  3304   0.131E+01    0.768E+00
DAV:  13    -0.150986647654E+03   -0.47906E+01   -0.50411E+00  3528   0.427E+00    0.151E+01
DAV:  14    -0.152545938915E+03   -0.15593E+01   -0.62658E-01  3312   0.192E+00    0.140E+01
DAV:  15    -0.151688868778E+03    0.85707E+00   -0.11066E+00  2968   0.226E+00    0.931E+00
DAV:  16    -0.154083519663E+03   -0.23947E+01   -0.19894E+00  3288   0.197E+00    0.575E+00
DAV:  17    -0.156653795266E+03   -0.25703E+01   -0.18565E+00  3200   0.353E+00    0.473E+00
DAV:  18    -0.159694168124E+03   -0.30404E+01   -0.19810E+00  3080   0.354E+00    0.491E+00

INCAR文件

SYMTEM = b-MnCL3  unitcell


ISTART = 0
ICHARG=2
ISIF=2
ISMEAR = 0  ! Gaussian smearing
SIGMA=0.2
POTIM=0.1
ISPIN = 2  ! spin polarized calculation
NSW = 500  ! ionic steps
EDIFF = 1.0e-04
EDIFFG = -0.03
NELM = 300
NELMDL=6
WEIMIN=0
IBRION =2    ! use the conjugate gradient algorithm
ECUT= 450
PREC = Normal
VOSKOWN=1
LWAVE=F
LCHARG=F
LREAL=Auto
ALGO=38
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1楼 2015-04-12 20:08:20
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skydark

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wmllr: 金币+1 2015-04-13 21:22:51
盡量保持結構對稱性 可加快計算速度
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2楼2015-04-13 19:01:04
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skydark

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

稍微再補充一下

VASP有關對稱性的設置 是
   ISYM 與 SYMPREC  你可以在網上查一下 這兩個參數要怎麼設置

另外再提醒一下  你POSCAR的unit cell 跟 原子位置要放得有對稱性
VASP才能辨識出你系統的對稱群是屬於哪個群
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3楼2015-04-14 00:32:12
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vasp001

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wmllr: 金币+1 2015-04-14 08:05:34
我感觉，考虑吸附的话，应该关掉对称性吧。
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一定要精通MaterialsStudios,VASP.
4楼2015-04-14 01:14:43
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skydark

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。。 2015-05-12 09:24:17
引用回帖:
4楼: Originally posted by vasp001 at 2015-04-14 01:14:43
我感觉，考虑吸附的话，应该关掉对称性吧。

我的意思是
讓兩邊都吸附  讓他至少有上下對稱性
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5楼2015-04-14 02:34:21
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vasp001

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。。 2015-05-12 09:24:08
引用回帖:
5楼: Originally posted by skydark at 2015-04-14 02:34:21
我的意思是
讓兩邊都吸附  讓他至少有上下對稱性...

这样不好吧。 吸附尤其是化学吸附会破坏石墨烯平面的对称结构。
赞一下 回复此楼
一定要精通MaterialsStudios,VASP.
6楼2015-04-14 02:40:38
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hwj2016

银虫 (小有名气)
楼主，我想问一下你的类石墨烯结构是如何建模的，在MS中建的吗？如何建？
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7楼2015-05-08 16:49:28
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skydark

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wmllr: 金币+2, ★有帮助 2015-05-09 12:37:54
WARNING: Unable to read mpd.hosts or list of hosts isn't provided. MPI job will be run on the current machine only.
感覺是你電腦平行運算出了問題
只用了一台電腦去算而已
你是不是沒送上超級電腦上算
只在寫input file的電腦上算?
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8楼2015-05-08 16:58:58
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wmllr

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 鼓励交流。。。。 2015-05-12 09:24:30
引用回帖:
7楼: Originally posted by hwj2016 at 2015-05-08 16:49:28
楼主，我想问一下你的类石墨烯结构是如何建模的，在MS中建的吗？如何建？

1）从MaterialsStudio 中graphite， 把层间距拉长。这样就能得到graphene.
（2） 先导入石墨（陶瓷文件里有），然后build---surface cleave,此时注意hkl的选取以及uv的方向的选取；然后点击确定即可。 加真空层的厚度，在BUILD--CRYSTAL 有vacumm选项，注意厚度的选择，一般大于15。 然后做超胞即可，superwell选项。
（3）导入graphite （in the  file of  structure-ceramics ), 然后build -Symmetry-make P1. 然后切掉中间一层。然后切掉其中一层，将剩下的一层移到c轴中间附近。
bulid-Symmetry-find symmetry-impose symmetry。 这样就得到了 honeycomb lattice primitive cell。
如果需要大片结构，可以用bulid - symmetry - Surpercell 来构建。。。得到菱形格子。
这是一般构建石墨烯结构的方法，希望对你有帮助。
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9楼2015-05-09 19:08:10
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zh11111

银虫 (正式写手)

---
引用回帖:
9楼: Originally posted by wmllr at 2015-05-09 19:08:10
1）从MaterialsStudio 中graphite， 把层间距拉长。这样就能得到graphene.
（2） 先导入石墨（陶瓷文件里有），然后build---surface cleave,此时注意hkl的选取以及uv的方向的选取；然后点击确定即可。 加真空层的 ...

求教：你用石墨烯吸附三原子分子欲求最佳吸附位时要把分子按三个不同原子依次放在石墨烯的顶，间，桥位上然后弛豫吗？
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---
10楼2015-07-04 23:54:10
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