24小时热门版块排行榜    

查看: 1771  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

dkgmx

木虫 (正式写手)

[求助] 关于gaussianTD计算吸收光谱和优化问题 已有1人参与

小弟先用分子动力学跑了小分子配体和DNA的体系,然后想用TD计算模拟小分子在DNA存在下的光谱,gaussian输入文件关键词为# oniom(B3LYP/6-31G(d,p) TD(nstates=100):amber)  scrf=pcm,运行之后正常结束,没有进行OPT这过程,请问这样的数据可行吗?
回复此楼
坚持
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dkgmx at 2015-04-07 10:42:27
首先非常感谢师兄的指点!可小弟想表达的是我把师兄回复的第一点当中的高斯优化基态(DFT)这一步去掉了,直接在分子动力学得到的构型做基于基态的TD计算,结果是正常结束,激发态跃迁数据也有了,问题就是没有进行 ...

按说吸收,应该是分子从基态吸收,你说:‘直接在分子动力学得到的构型做基于基态的TD计算’。你的意思是,你是从s0做的td?如果是从s0做的td,应该没问题。但是如果你不能保证你做td的时候的结构是s0,那么这个td应该就没有意义吧。这事我的理解。不一定对。我比较水、

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
5楼2015-04-07 14:53:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不加opt是吸收谱,加了opt是发射谱
2楼2015-04-07 08:19:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小范范1989

木虫 (著名写手)

我对分子动力学不太懂。我说说我高斯的理解。同时,你多多问一楼枪神,他懂得多。
1:高斯优化基态(DFT),然后基于基态做td,这叫吸收。做出来的谱叫吸收谱
2:高斯优化激发态(TD-DFT),优化后的结果,里面有个s1的波长,这叫做发射,做出来的谱线,叫做发射谱
以上是我的理解,不对之处还请指点,谢谢
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
3楼2015-04-07 08:54:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dkgmx

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-04-07 08:54:42
我对分子动力学不太懂。我说说我高斯的理解。同时,你多多问一楼枪神,他懂得多。
1:高斯优化基态(DFT),然后基于基态做td,这叫吸收。做出来的谱叫吸收谱
2:高斯优化激发态(TD-DFT),优化后的结果,里面有 ...

首先非常感谢师兄的指点!可小弟想表达的是我把师兄回复的第一点当中的高斯优化基态(DFT)这一步去掉了,直接在分子动力学得到的构型做基于基态的TD计算,结果是正常结束,激发态跃迁数据也有了,问题就是没有进行优化这一步,这样的数据是否可行呢~
坚持
4楼2015-04-07 10:42:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] FileCode能看出啥? +7 要乐观耀哥 2026-08-10 15/750 2026-08-10 19:29 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +8 documentary 2026-08-10 8/400 2026-08-10 19:20 by loufangrui
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +3 瞬息宇宙 2026-08-10 3/150 2026-08-10 18:27 by Tide man
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +11 archvillain 2026-08-04 13/650 2026-08-10 14:41 by seekfind
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
请填处理意见