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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 关于gaussianTD计算吸收光谱和优化问题
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dkgmx

木虫 (正式写手)

[求助] 关于gaussianTD计算吸收光谱和优化问题 已有1人参与

小弟先用分子动力学跑了小分子配体和DNA的体系，然后想用TD计算模拟小分子在DNA存在下的光谱，gaussian输入文件关键词为# oniom(B3LYP/6-31G(d,p) TD(nstates=100):amber)  scrf=pcm，运行之后正常结束，没有进行OPT这过程，请问这样的数据可行吗？
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坚持
1楼 2015-04-06 12:43:27
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不加opt是吸收谱，加了opt是发射谱
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2楼2015-04-07 08:19:51
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小范范1989

木虫 (著名写手)
我对分子动力学不太懂。我说说我高斯的理解。同时，你多多问一楼枪神，他懂得多。
1：高斯优化基态（DFT），然后基于基态做td，这叫吸收。做出来的谱叫吸收谱
2：高斯优化激发态（TD-DFT），优化后的结果，里面有个s1的波长，这叫做发射，做出来的谱线，叫做发射谱
以上是我的理解，不对之处还请指点，谢谢
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
3楼2015-04-07 08:54:42
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dkgmx

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-04-07 08:54:42
我对分子动力学不太懂。我说说我高斯的理解。同时，你多多问一楼枪神，他懂得多。
1：高斯优化基态（DFT），然后基于基态做td，这叫吸收。做出来的谱叫吸收谱
2：高斯优化激发态（TD-DFT），优化后的结果，里面有 ...

首先非常感谢师兄的指点！可小弟想表达的是我把师兄回复的第一点当中的高斯优化基态（DFT）这一步去掉了，直接在分子动力学得到的构型做基于基态的TD计算，结果是正常结束，激发态跃迁数据也有了，问题就是没有进行优化这一步，这样的数据是否可行呢~
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坚持
4楼2015-04-07 10:42:27
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dkgmx at 2015-04-07 10:42:27
首先非常感谢师兄的指点！可小弟想表达的是我把师兄回复的第一点当中的高斯优化基态（DFT）这一步去掉了，直接在分子动力学得到的构型做基于基态的TD计算，结果是正常结束，激发态跃迁数据也有了，问题就是没有进行 ...

按说吸收，应该是分子从基态吸收，你说：‘直接在分子动力学得到的构型做基于基态的TD计算’。你的意思是，你是从s0做的td？如果是从s0做的td，应该没问题。但是如果你不能保证你做td的时候的结构是s0，那么这个td应该就没有意义吧。这事我的理解。不一定对。我比较水、
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dkgmx
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5楼2015-04-07 14:53:53
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dkgmx

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-04-07 14:53:53
按说吸收，应该是分子从基态吸收，你说：‘直接在分子动力学得到的构型做基于基态的TD计算’。你的意思是，你是从s0做的td？如果是从s0做的td，应该没问题。但是如果你不能保证你做td的时候的结构是s0，那么这个td ...

明白师兄的意思了，是要先优化使结构为基态S0，再做TD，这样吸收光谱才有意义，只是给不了分，送朵红花吧，谢谢啦！
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坚持
6楼2015-04-07 21:00:33
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dkgmx at 2015-04-07 21:00:33
明白师兄的意思了，是要先优化使结构为基态S0，再做TD，这样吸收光谱才有意义，只是给不了分，送朵红花吧，谢谢啦！...

客气，共同交流学习
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7楼2015-04-08 07:30:03
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