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xinniya

金虫 (小有名气)

[交流] 求助:2871bp的片段扩出来很多杂带,怎么回事?

我用E-Taq酶扩增长为2871bp的片段,引物是特异引物,长度为18bp,Tm值是54。条件是,25微升的体系,酶0.2微升;dNTP2微升,模板和引物均为1微升;94度5min----94度50sec-----54度50sec-------72度1min45sec-----72度10min;温度梯度上下浮动5度。
结果扩出来的带有很多小于2800的杂带,目的带很不清晰。这是怎么回事?是因为引物太短还是延伸的时间不够?还是酶不合适?
多谢了!
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

1、延伸时间不够哦,最好按照1kb/min来计算
2、引物真的是特异的?才18nt,其实是很短的。我用25nt的引物扩2xxbp的片段有时候都会出现非特异条带。建议重新设计引物,一般不要低于20bp。虽然长引物容易出现dimer,但是只要dimer的自由能不超过-10kcal/mol就不会太难扩,况且退火温度还那么高呢
3、用降落PCR的方法可以减少非特异条带的数目,你这里的温度梯度还可以再拉大距离。一般我都把温度拉开10℃。
11楼2008-07-29 15:11:35
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yuyixst

木虫 (正式写手)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
那扩增产物再次扩增哦,也许会好
2楼2008-07-01 10:51:29
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yuyixst

木虫 (正式写手)

reasonspare(金币+0,VIP+0):楼主还有问题,你再看看。
感觉是不是你的延伸时间有点短?
3楼2008-07-01 10:52:59
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静水深流106

铁虫 (初入文坛)

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
可以提高你的退火温度,减少模板浓度,减少循环数看下
4楼2008-07-01 11:21:04
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