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急，求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否适用于无水环境 已有1人参与
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| 各位虫友，求帮忙。我的MD模拟中有一部分是探究水分子存在对体系的影响，因此利用自编脚本将体系中的水分子去除了。但是现在有一个问题是，现在多数力场都是针对溶剂相的，不知我所用的这个charmm27力场是否可以同样应用在这个无水体系中呢？求虫友指点，或者有相关文献也可以啊，临近毕业需要解决这个问题，多谢多谢！ |
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polypro
木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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yylcx: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-18 18:27:03
yylcx: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-18 18:27:03
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CHARMM力场的原始文献有清晰表述，Brooks BR, Brooks CL, Mackerell AD, Nilsson L, Petrella RJ, Roux B, Won Y, Archontis G, Bartels C, Boresch S, Caflisch A, Caves L, Cui Q, Dinner AR, Feig M, Fischer S, Gao J, Hodoscek M, Im W, Kuczera K, Lazaridis T, Ma J, Ovchinnikov V, Paci E, Pastor RW, Post CB, Pu JZ, Schaefer M, Tidor B, Venable RM, Woodcock HL, Wu X, Yang W, York DM, & Karplus M CHARMM: The Biomolecular Simulation Program. J. Comput. Chem. 2009, 30(10):1545-1614. |
5楼2015-03-18 14:50:43
2楼2015-03-18 08:39:00
polypro
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yylcx3楼2015-03-18 08:54:59
4楼2015-03-18 14:19:25