应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急，求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否适用于无水环境
61/1返回列表
查看: 1068  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yylcx

金虫 (正式写手)

[求助] 急，求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否适用于无水环境 已有1人参与

各位虫友，求帮忙。我的MD模拟中有一部分是探究水分子存在对体系的影响，因此利用自编脚本将体系中的水分子去除了。但是现在有一个问题是，现在多数力场都是针对溶剂相的，不知我所用的这个charmm27力场是否可以同样应用在这个无水体系中呢？求虫友指点，或者有相关文献也可以啊，临近毕业需要解决这个问题，多谢多谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-03-17 21:48:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
木有人看到么。。。。。
回复此楼
2楼2015-03-18 08:39:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yylcx(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-03-18 09:42:59
CHARMM力场是针对真空环境计算拟合出来的，溶剂条件只改变介电常数，即要考虑溶剂时，需要对不同暴露残基静电力计算使用不同的介电常数即可；去掉溶剂或作真空处理，或用implicit solvent处理，看怎么处理介电常数就行了
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yylcx
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2015-03-18 08:54:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2015-03-18 08:54:59
CHARMM力场是针对真空环境计算拟合出来的，溶剂条件只改变介电常数，即要考虑溶剂时，需要对不同暴露残基静电力计算使用不同的介电常数即可；去掉溶剂或作真空处理，或用implicit solvent处理，看怎么处理介电常数就 ...

谢谢帮忙啊，有没有相关的一些文献推荐呢
赞一下 回复此楼
4楼2015-03-18 14:19:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yylcx: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-18 18:27:03
引用回帖:
4楼: Originally posted by yylcx at 2015-03-18 14:19:25
谢谢帮忙啊，有没有相关的一些文献推荐呢...

CHARMM力场的原始文献有清晰表述，Brooks BR, Brooks CL, Mackerell AD, Nilsson L, Petrella RJ, Roux B, Won Y, Archontis G, Bartels C, Boresch S, Caflisch A, Caves L, Cui Q, Dinner AR, Feig M, Fischer S, Gao J, Hodoscek M, Im W, Kuczera K, Lazaridis T, Ma J, Ovchinnikov V, Paci E, Pastor RW, Post CB, Pu JZ, Schaefer M, Tidor B, Venable RM, Woodcock HL, Wu X, Yang W, York DM, & Karplus M  CHARMM: The Biomolecular Simulation Program. J. Comput. Chem. 2009, 30(10):1545-1614.
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2015-03-18 14:50:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2015-03-18 14:50:43
CHARMM力场的原始文献有清晰表述，Brooks BR, Brooks CL, Mackerell AD, Nilsson L, Petrella RJ, Roux B, Won Y, Archontis G, Bartels C, Boresch S, Caflisch A, Caves L, Cui Q, Dinner AR, Feig M, Fischer S ...

太好了，真是太谢谢啦，
赞一下 回复此楼
6楼2015-03-18 18:26:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yylcx 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 300求调剂 +8 橙a777 2026-04-15 8/400 2026-04-16 01:25 by L0alice
[考研] 327求调剂 +25 Xxjc1107. 2026-04-13 27/1350 2026-04-15 23:22 by Equinoxhua
[考研] 急需调剂 +5 绝不放弃22 2026-04-15 5/250 2026-04-15 23:11 by Tide man
[考研] 211本科材料化工求调剂 +19 YHLAH 2026-04-11 23/1150 2026-04-14 22:25 by fenglj492
[考研] 085500求调剂材料 +11 易11122 2026-04-09 11/550 2026-04-14 17:59 by lhj2009
[考研] 农学0904 312求调剂 +4 Say Never 2026-04-11 4/200 2026-04-14 09:10 by zs92450
[考研] 332求调剂 +15 蕉蕉123 2026-04-10 15/750 2026-04-13 23:12 by pies112
[考研] 求调剂，985材料与化工348分 +9 涵竹刘 2026-04-11 14/700 2026-04-13 22:26 by 涵竹刘
[考研] 302求调剂 +10 易！? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 22408 352分求调剂 +5 努力的夏末 2026-04-09 5/250 2026-04-12 19:17 by wj165256
[考研] 电气专硕320求调剂 +6 小麻子111 2026-04-10 6/300 2026-04-12 10:54 by lemon6009
[考研] 22408调剂315分 +3 zhuangyan123 2026-04-09 3/150 2026-04-12 00:25 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
[考研] 农学0904 312求调剂 +6 Say Never 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:33 by wwj2530616
[考研] 机械专硕270求调剂，接受跨专业 +12 老师看看我吧aba 2026-04-09 14/700 2026-04-11 10:21 by laoshidan
[考研] 346，工科求调剂 +3 moser233 2026-04-09 3/150 2026-04-11 10:04 by zhq0425
[考研] 一志愿京区985，085401电子信息，本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
[考研] 292求调剂 +9 笑笑袁 2026-04-09 9/450 2026-04-10 10:05 by LHGeng
[考研] 材料专硕初试分332一志愿西北工业大学， +12 故人?? 2026-04-09 12/600 2026-04-09 18:34 by Ccclqqq
[考研] 337求调剂 +4 Gky09300550， 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:18 by 帕尔马拉特
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭