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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急，求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否适用于无水环境
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yylcx

金虫 (正式写手)

[求助] 急，求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否适用于无水环境 已有1人参与

各位虫友，求帮忙。我的MD模拟中有一部分是探究水分子存在对体系的影响，因此利用自编脚本将体系中的水分子去除了。但是现在有一个问题是，现在多数力场都是针对溶剂相的，不知我所用的这个charmm27力场是否可以同样应用在这个无水体系中呢？求虫友指点，或者有相关文献也可以啊，临近毕业需要解决这个问题，多谢多谢！
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1楼 2015-03-17 21:48:39
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yylcx

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2015-03-18 08:54:59
CHARMM力场是针对真空环境计算拟合出来的，溶剂条件只改变介电常数，即要考虑溶剂时，需要对不同暴露残基静电力计算使用不同的介电常数即可；去掉溶剂或作真空处理，或用implicit solvent处理，看怎么处理介电常数就 ...

谢谢帮忙啊，有没有相关的一些文献推荐呢
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4楼2015-03-18 14:19:25
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yylcx

金虫 (正式写手)
木有人看到么。。。。。
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2楼2015-03-18 08:39:00
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yylcx(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-03-18 09:42:59
CHARMM力场是针对真空环境计算拟合出来的，溶剂条件只改变介电常数，即要考虑溶剂时，需要对不同暴露残基静电力计算使用不同的介电常数即可；去掉溶剂或作真空处理，或用implicit solvent处理，看怎么处理介电常数就行了
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yylcx
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2015-03-18 08:54:59
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yylcx: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-18 18:27:03
引用回帖:
4楼: Originally posted by yylcx at 2015-03-18 14:19:25
谢谢帮忙啊，有没有相关的一些文献推荐呢...

CHARMM力场的原始文献有清晰表述，Brooks BR, Brooks CL, Mackerell AD, Nilsson L, Petrella RJ, Roux B, Won Y, Archontis G, Bartels C, Boresch S, Caflisch A, Caves L, Cui Q, Dinner AR, Feig M, Fischer S, Gao J, Hodoscek M, Im W, Kuczera K, Lazaridis T, Ma J, Ovchinnikov V, Paci E, Pastor RW, Post CB, Pu JZ, Schaefer M, Tidor B, Venable RM, Woodcock HL, Wu X, Yang W, York DM, & Karplus M  CHARMM: The Biomolecular Simulation Program. J. Comput. Chem. 2009, 30(10):1545-1614.
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2015-03-18 14:50:43
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