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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 看文献手贱，自己动手算了下，发现结果不一样
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建章宫细作

新虫 (初入文坛)

[交流] 看文献手贱，自己动手算了下，发现结果不一样

看到文献中说大豆叶绿体的AT含量高于别的植物的叶绿体，为66%，手贱，动手算了下，算出来为64.6%有木有。只是将ncbi上的序列下载下来，用grep统计了下。最近神经衰弱，总认为自己错了，要不就是序列下错了，要不就是grep用错了，总之，求帮忙核算一下。
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1楼 2015-03-11 12:36:59
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建章宫细作

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by starseacow at 2015-03-11 14:57:53
1 就算是64.6，是否仍高于其他植物，如是，最重要结论没问题就不是太有所谓了。
2 作者统计的序列有没有明确说明，是否是你现在计算的这个，有时候别人用了不同的大豆，有这种差异不奇怪。
3 你要觉得确实作者算错 ...

我查了下，用的同一株大豆，此外，ncbi上有gc含量，跟我算出来的一样，是我太较真了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2015-03-11 15:22:40
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707607008

新虫 (小有名气)
★
建章宫细作(金币+5): 谢谢参与
这比较正常，因为算法过程不一样，文献中的数据可能是经过多个数据综合来算的，而你算的只是文献中给出的某两个平均后数据，所以会出现这种误差。

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2015-03-11 12:41:02
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建章宫细作

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 707607008 at 2015-03-11 12:41:02
这比较正常，因为算法过程不一样，文献中的数据可能是经过多个数据综合来算的，而你算的只是文献中给出的某两个平均后数据，所以会出现这种误差。

不太可能是算法过程不一样，首先，叶绿体只有152k  （152 218），因为用的一代测序，所以，没有N，ATCG都是明确的，其次，那篇文章似乎就是首次发表大豆叶绿体reference的，所以我跟作者用的序列理应一样。统计AT含量，就是数AT有多少个，理应不涉及算法差异
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3楼2015-03-11 12:49:50
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shcj

铁杆木虫 (文坛精英)
★
建章宫细作(金币+5): 谢谢参与
祝福楼主！
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4楼2015-03-11 13:12:12
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