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建章宫细作

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
帖子: 28
在线: 25.1小时
虫号: 2340884

[交流] 看文献手贱，自己动手算了下，发现结果不一样

看到文献中说大豆叶绿体的AT含量高于别的植物的叶绿体，为66%，手贱，动手算了下，算出来为64.6%有木有。只是将ncbi上的序列下载下来，用grep统计了下。最近神经衰弱，总认为自己错了，要不就是序列下错了，要不就是grep用错了，总之，求帮忙核算一下。

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1楼 2015-03-11 12:36:59

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707607008

新虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 751.7
帖子: 76
在线: 52.6小时
虫号: 1132845

★
建章宫细作(金币+5): 谢谢参与

这比较正常，因为算法过程不一样，文献中的数据可能是经过多个数据综合来算的，而你算的只是文献中给出的某两个平均后数据，所以会出现这种误差。

[ 发自小木虫客户端 ]

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2楼2015-03-11 12:41:02

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建章宫细作

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
帖子: 28
在线: 25.1小时
虫号: 2340884

引用回帖:

2楼: Originally posted by 707607008 at 2015-03-11 12:41:02
这比较正常，因为算法过程不一样，文献中的数据可能是经过多个数据综合来算的，而你算的只是文献中给出的某两个平均后数据，所以会出现这种误差。

不太可能是算法过程不一样，首先，叶绿体只有152k （152 218），因为用的一代测序，所以，没有N，ATCG都是明确的，其次，那篇文章似乎就是首次发表大豆叶绿体reference的，所以我跟作者用的序列理应一样。统计AT含量，就是数AT有多少个，理应不涉及算法差异

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3楼2015-03-11 12:49:50

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shcj

铁杆木虫 (文坛精英)

应助: 1 (幼儿园)
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帖子: 17076
在线: 817.4小时
虫号: 3168407

★
建章宫细作(金币+5): 谢谢参与

祝福楼主！

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4楼2015-03-11 13:12:12

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starseacow

专家顾问 (职业作家)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

1 就算是64.6，是否仍高于其他植物，如是，最重要结论没问题就不是太有所谓了。
2 作者统计的序列有没有明确说明，是否是你现在计算的这个，有时候别人用了不同的大豆，有这种差异不奇怪。
3 你要觉得确实作者算错了，发封邮件给通讯作者问问看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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5楼2015-03-11 14:57:53

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建章宫细作

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 25.1小时
虫号: 2340884

引用回帖:

5楼: Originally posted by starseacow at 2015-03-11 14:57:53
1 就算是64.6，是否仍高于其他植物，如是，最重要结论没问题就不是太有所谓了。
2 作者统计的序列有没有明确说明，是否是你现在计算的这个，有时候别人用了不同的大豆，有这种差异不奇怪。
3 你要觉得确实作者算错 ...

我查了下，用的同一株大豆，此外，ncbi上有gc含量，跟我算出来的一样，是我太较真了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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6楼2015-03-11 15:22:40

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