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建章宫细作

新虫 (初入文坛)


[交流] 看文献手贱,自己动手算了下,发现结果不一样

看到文献中说大豆叶绿体的AT含量高于别的植物的叶绿体,为66%,手贱,动手算了下,算出来为64.6%有木有。只是将ncbi上的序列下载下来,用grep统计了下。最近神经衰弱,总认为自己错了,要不就是序列下错了,要不就是grep用错了,总之,求帮忙核算一下。
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707607008

新虫 (小有名气)



建章宫细作(金币+5): 谢谢参与
这比较正常,因为算法过程不一样,文献中的数据可能是经过多个数据综合来算的,而你算的只是文献中给出的某两个平均后数据,所以会出现这种误差。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-03-11 12:41:02
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建章宫细作

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 707607008 at 2015-03-11 12:41:02
这比较正常,因为算法过程不一样,文献中的数据可能是经过多个数据综合来算的,而你算的只是文献中给出的某两个平均后数据,所以会出现这种误差。

不太可能是算法过程不一样,首先,叶绿体只有152k  (152 218),因为用的一代测序,所以,没有N,ATCG都是明确的,其次,那篇文章似乎就是首次发表大豆叶绿体reference的,所以我跟作者用的序列理应一样。统计AT含量,就是数AT有多少个,理应不涉及算法差异
3楼2015-03-11 12:49:50
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shcj

铁杆木虫 (文坛精英)



建章宫细作(金币+5): 谢谢参与
祝福楼主!
4楼2015-03-11 13:12:12
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1 就算是64.6,是否仍高于其他植物,如是,最重要结论没问题就不是太有所谓了。
2 作者统计的序列有没有明确说明,是否是你现在计算的这个,有时候别人用了不同的大豆,有这种差异不奇怪。
3 你要觉得确实作者算错了,发封邮件给通讯作者问问看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2015-03-11 14:57:53
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建章宫细作

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
5楼: Originally posted by starseacow at 2015-03-11 14:57:53
1 就算是64.6,是否仍高于其他植物,如是,最重要结论没问题就不是太有所谓了。
2 作者统计的序列有没有明确说明,是否是你现在计算的这个,有时候别人用了不同的大豆,有这种差异不奇怪。
3 你要觉得确实作者算错 ...

我查了下,用的同一株大豆,此外,ncbi上有gc含量,跟我算出来的一样,是我太较真了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2015-03-11 15:22:40
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781055707

木虫 (著名写手)


超祝福楼主。
7楼2015-03-11 15:27:50
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jieke0633

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大豆是不是也有不少品种?
8楼2015-03-12 15:14:35
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建章宫细作

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
8楼: Originally posted by jieke0633 at 2015-03-12 15:14:35
大豆是不是也有不少品种?

用的相同一株
9楼2015-03-13 01:15:02
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