应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 看文献手贱，自己动手算了下，发现结果不一样
91/1返回列表
查看: 1092  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

建章宫细作

新虫 (初入文坛)

[交流] 看文献手贱，自己动手算了下，发现结果不一样

看到文献中说大豆叶绿体的AT含量高于别的植物的叶绿体，为66%，手贱，动手算了下，算出来为64.6%有木有。只是将ncbi上的序列下载下来，用grep统计了下。最近神经衰弱，总认为自己错了，要不就是序列下错了，要不就是grep用错了，总之，求帮忙核算一下。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2015-03-11 12:36:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

707607008

新虫 (小有名气)
★
建章宫细作(金币+5): 谢谢参与
这比较正常，因为算法过程不一样，文献中的数据可能是经过多个数据综合来算的，而你算的只是文献中给出的某两个平均后数据，所以会出现这种误差。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-11 12:41:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

建章宫细作

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 707607008 at 2015-03-11 12:41:02
这比较正常，因为算法过程不一样，文献中的数据可能是经过多个数据综合来算的，而你算的只是文献中给出的某两个平均后数据，所以会出现这种误差。

不太可能是算法过程不一样，首先，叶绿体只有152k  （152 218），因为用的一代测序，所以，没有N，ATCG都是明确的，其次，那篇文章似乎就是首次发表大豆叶绿体reference的，所以我跟作者用的序列理应一样。统计AT含量，就是数AT有多少个，理应不涉及算法差异
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-11 12:49:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shcj

铁杆木虫 (文坛精英)
★
建章宫细作(金币+5): 谢谢参与
祝福楼主！
回复此楼
4楼2015-03-11 13:12:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

starseacow

专家顾问 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1 就算是64.6，是否仍高于其他植物，如是，最重要结论没问题就不是太有所谓了。
2 作者统计的序列有没有明确说明，是否是你现在计算的这个，有时候别人用了不同的大豆，有这种差异不奇怪。
3 你要觉得确实作者算错了，发封邮件给通讯作者问问看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2015-03-11 14:57:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

建章宫细作

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by starseacow at 2015-03-11 14:57:53
1 就算是64.6，是否仍高于其他植物，如是，最重要结论没问题就不是太有所谓了。
2 作者统计的序列有没有明确说明，是否是你现在计算的这个，有时候别人用了不同的大豆，有这种差异不奇怪。
3 你要觉得确实作者算错 ...

我查了下，用的同一株大豆，此外，ncbi上有gc含量，跟我算出来的一样，是我太较真了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
6楼2015-03-11 15:22:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

781055707

木虫 (著名写手)
超祝福楼主。
回复此楼
7楼2015-03-11 15:27:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jieke0633

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大豆是不是也有不少品种？
赞一下 回复此楼
8楼2015-03-12 15:14:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

建章宫细作

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jieke0633 at 2015-03-12 15:14:35
大豆是不是也有不少品种？

用的相同一株
回复此楼
9楼2015-03-13 01:15:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 建章宫细作 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭