| 查看: 1741 | 回复: 5 | ||
沐心精灵木虫 (正式写手)
|
[求助]
求助：Rocks 6.1集群搭建不能跨节点并行 已有2人参与
|
|
有没有大神知道用Rocks 6.1搭建集群时不能跨节点并行的原因啊？ 集群由4台服务器组成，其中一个为前端节点，剩下的为计算节点。安装按照Rocks 6.1手册，并结合网上的一些教程，镜像全部为Rocks官方的。安装完前端节点和计算节点后，在、share/apps目录下安装了OpenMP（不用自带的）和intel Fortran，并设置环境变量等，同步到计算节点，并source环境变量。 按照上面的安装，CFD程序（自己的，包括CFL3D）可以编译，由SGE可提交至计算节点正常并行计算。但是问题是，当并行线程数超过某个计算节点的总线程数时，qstat给的结果是分配到两台节点上，但是到分配的节点top时发现，其实只在一个节点上并行而已。 例如，用64个线程运行程序，用命令qsub -pe mpich 64 RUN_Script在前端节点提交，刚好分配到了两台计算节点（总线程数分别为24和40），如下所示： [user01@cluster src]$ qstat -f queuename qtype resv/used/tot. load_avg arch states --------------------------------------------------------------------------------- all.q@compute-0-15.local BIP 0/40/40 0.00 linux-x64 129 0.55500 RUN_Script user01 r 02/14/2014 09:28:38 40 --------------------------------------------------------------------------------- all.q@compute-0-4.local BIP 0/24/24 0.07 linux-x64 129 0.55500 RUN_Script user01 r 02/14/2014 09:28:38 24 但是ssh到compute-0-15和compute-0-4上top看时，只有一个节点上有程序运行。我的任务脚本文件 RUN_Script内容如下： #!/bin/bash # #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash # mpirun -machinefile $TMPDIR/machines -np $NSLOTS \ /home/user01/AxisJet/src/JET 集群内的计算节点和前端节点可以无密码ssh登录。搞了几天，实在是不知道问题何在啊！求虫友们指点啊，问题能解决，再追加赏币啊！ |
回复此楼» 猜你喜欢
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有12人回复
-
调剂求助（生物与医药）
已经有3人回复
-
一志愿吉大化学327求调剂
已经有7人回复
-
一志愿生物与医药，296分，求调剂
已经有13人回复
-
327求调剂
已经有5人回复
-
初试301，代码085701环境工程，本硕一致，四六级已过，有二区一作，共发表5篇论文
已经有8人回复
-
327考研调剂推荐
已经有6人回复
-
328求调剂
已经有3人回复
-
304求调剂
已经有9人回复
-
化工求调剂！
已经有16人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Linux集群增加新用户的问题
已经有6人回复
- Gaussian 软件的并行效率
已经有8人回复
- 关于linux下的任务管理软件比如PBS
已经有10人回复
- 集群和进程的问题
已经有3人回复
- 简单的vasp几个节点并行问题，求大神帮助！！！！！！！！！！！！！！！！
已经有3人回复
- Linux下MS5.5安装成功，但只能在管理节点运行，无法在计算节点并行运行
已经有5人回复
- 2台服务器如何连接，并行计算？
已经有18人回复
- vasp 集群并行出错
已经有7人回复
- 求教：ssh 登录集群某节点时不能进入home目录
已经有9人回复
- 关于 MS 5.5并行的问题
已经有4人回复
- 千兆网vasp跨节点并行慢的很，正常吗？
已经有12人回复
- 集群上的用户管理
已经有34人回复
- vasp跨节点运行出错，mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089)
已经有5人回复
- 集群mpich2调试出问题mpdboot -n 无法启动
已经有4人回复
- 集群中几个常用的命令（跟用户培训时用的文档）
已经有3人回复
- 【求助】mpi不并行。。。
已经有6人回复
- 【求助】vasp并行安装mpich2的错误
已经有10人回复
- 【求助】集群节点之间运行问题
已经有13人回复
- 【求助】集群，如何设置某个节点用多个CPU？
已经有5人回复
bluewhale
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 58 (初中生)
- 金币: 8438.3
- 散金: 50
- 红花: 10
- 帖子: 890
- 在线: 362.2小时
- 虫号: 278289
- 注册: 2006-09-10
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2015-03-03 08:49:00
沐心精灵
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1220.4
- 散金: 20
- 红花: 1
- 帖子: 838
- 在线: 124.4小时
- 虫号: 1381766
- 注册: 2011-08-27
- 专业: 力学中的基本问题和方法
3楼2015-03-03 12:01:25
bluewhale
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 58 (初中生)
- 金币: 8438.3
- 散金: 50
- 红花: 10
- 帖子: 890
- 在线: 362.2小时
- 虫号: 278289
- 注册: 2006-09-10
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
4楼2015-03-03 15:26:02
5楼2015-10-26 14:05:32
6楼2018-07-07 19:15:59
