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fairmoon

新虫 (初入文坛)

[交流] HRM可以使用兼并引物吗 已有2人参与

初次设计HRM引物,希望对多态性较多的目标基因检测,针对特异的SNP,通用引物的位置不好设计,不知能否设计兼并引物?
能否在扩增片断中包含位置相近的两个SNP位点?这样也能出来不同组合的HRM图吗?
非常感谢!!
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huangchj03

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我觉得有些困难,不建议采用简并引物。个人观点
2楼2015-01-22 12:08:45
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titus0805

铁虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-01-22 16:44:05
荧光pcr本来就要求条件挺严格的,hrm更严格一点,简并引物有点说不过去。再说为什么要用简并引物?SNP两端序列还有未知的?那就拉长一点扩出来看看啊。
一个扩增产物里面包含两个SNP位点,这个从理论上来讲是可以的,HRM应该可以区分AB,Ab,aB和ab的,就是说这四种型应该有各自的溶解曲线。而且接近就不会有交换,没有交换就是2个碱基的差别,溶解曲线的差别应该比1个碱基差别还要大,所以就更可以了。
3楼2015-01-22 12:21:16
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