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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » HRM可以使用兼并引物吗
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fairmoon

新虫 (初入文坛)

[交流] HRM可以使用兼并引物吗 已有2人参与

初次设计HRM引物，希望对多态性较多的目标基因检测，针对特异的SNP，通用引物的位置不好设计，不知能否设计兼并引物？
能否在扩增片断中包含位置相近的两个SNP位点？这样也能出来不同组合的HRM图吗？
非常感谢！！
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1楼 2015-01-22 10:13:21
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huangchj03

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我觉得有些困难，不建议采用简并引物。个人观点
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2楼2015-01-22 12:08:45
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titus0805

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-01-22 16:44:05
荧光pcr本来就要求条件挺严格的，hrm更严格一点，简并引物有点说不过去。再说为什么要用简并引物？SNP两端序列还有未知的？那就拉长一点扩出来看看啊。
一个扩增产物里面包含两个SNP位点，这个从理论上来讲是可以的，HRM应该可以区分AB,Ab,aB和ab的，就是说这四种型应该有各自的溶解曲线。而且接近就不会有交换，没有交换就是2个碱基的差别，溶解曲线的差别应该比1个碱基差别还要大，所以就更可以了。
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3楼2015-01-22 12:21:16
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