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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 二氧化硅晶体cleave plane问题
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 二氧化硅晶体cleave plane问题 已有1人参与

我用SiO2的晶胞，a=b=4.913437，c=5.405118。α=β=90°，γ=120°。在三维做了个8*8*8的超级晶胞然后用011面去截，请问图中的mesh lengthes是怎么确定的？修改不了，这个对于所截的面会有什么影响吗？

二氧化硅晶体cleave plane问题
11.jpg


二氧化硅晶体cleave plane问题-1
22.jpg
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1楼 2015-01-20 23:04:20
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

月只蓝

主管区长 (职业作家)
★
吉米爱多(abinitio代发): 金币+1, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:31:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 10:19:08
谢谢呵呵。U,V应该是指在cleave plane位置确定后，确定截面的形状吧。改变U,V向量mesh length也会变不知道是怎么变的...

表示赞同，U V决定切出来的截面的形状和尺寸，不过只要cleave plane和position中的top确定之后，该截面暴露的原子群是完全一致的。此外，cleave plane确定之后，U V的数值能调节的范围需限定在指定的cleave plane确定的平面之内，即U V可调节的范围是有限的。
由于在暴露的原子组决定了表面性质，所以尽管截面形状尺寸可能不同，考虑到周期性，表面性质是一样的。
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吉米爱多
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2015-01-21 10:37:09
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
吉米爱多: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-01-21 22:42:02
引用回帖:
13楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 20:29:44
是的，比如UV垂直时，U=5，V=8。这样的话我在空间延展时，U方向的长度只能是5n,，V方向是8n，我想做一个5n*5n的表面，怎么实现呢~...

也许，你可以试试 右键--Lattice Parameters手动更改a b c的数值。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
14楼2015-01-21 21:57:59
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普通回帖

王小福吼吼

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
吉米爱多: 金币+10 2015-01-21 10:19:06
abinitio: 金币+1, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:31:31
截取晶面，在surface box中，设置（011）。至于surface mesh中的U,V我也不太懂。
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2楼2015-01-21 09:49:36
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 王小福吼吼 at 2015-01-21 09:49:36
截取晶面，在surface box中，设置（011）。至于surface mesh中的U,V我也不太懂。

谢谢呵呵。U,V应该是指在cleave plane位置确定后，确定截面的形状吧。改变U,V向量mesh length也会变不知道是怎么变的
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3楼2015-01-21 10:19:08
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congtaiupc

金虫 (小有名气)
楼上正解
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用青春书写青春
5楼2015-01-21 11:12:12
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-21 10:37:09
表示赞同，U V决定切出来的截面的形状和尺寸，不过只要cleave plane和position中的top确定之后，该截面暴露的原子群是完全一致的。此外，cleave plane确定之后，U V的数值能调节的范围需限定在指定的cleave p ...

谢谢详细解答~我用011面去截，U=（1,0,0），V开始是（0,1,-1），然后改成（1,2,-2），如图1和2。请问V改变之后，mesh length的变化是怎么来的呢？是为了保证cleave plane内所取截面在空间的周期性吗？（不知我表述是否准确）
二氧化硅晶体cleave plane问题-2
1.jpg


二氧化硅晶体cleave plane问题-3
2.jpg
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6楼2015-01-21 13:49:26
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-01-21 11:12:12
楼上正解

大侠详述下哈：）
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7楼2015-01-21 13:51:49
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
★ ★
吉米爱多(abinitio代发): 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:32:26
引用回帖:
6楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 13:49:26
谢谢详细解答~我用011面去截，U=（1,0,0），V开始是（0,1,-1），然后改成（1,2,-2），如图1和2。请问V改变之后，mesh length的变化是怎么来的呢？是为了保证cleave plane内所取截面在空间的周期性吗？（不知我表述 ...

mesh length的计算应该根据U V有一套计算公式，具体公式我不知道。
不过我觉得不必纠结于这个问题，U V按系统默认数据即可。
至于你说调节切出来的晶面的尺寸问题，通常的做法是，从一个晶胞开始，调节到自己想要的thickness，切割出晶面，然后根据后续需要（比如做分子力动力学计算要求结构的尺寸大于截断半径），再在build-symmetry--supercell中把该表面扩展。
如果一开始就把整个晶胞作三维扩展，再切割晶面，需要事先计算好，三维扩展的时候A B C的数值。
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8楼2015-01-21 14:08:40
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
吉米爱多(abinitio代发): 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-01-21 15:32:36
吉米爱多: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-01-21 15:43:37
引用回帖:
7楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 13:51:49
大侠详述下哈：）

1、U和V只是决定截出来的晶胞表面的形状和尺寸，以及你想要的表面的结果。:victory不必纠结于这点)
2、比如说，我想让二氧化硅的表面带负电荷(即相当于羟基化处理)，那我在切表面的时候就要把氧原子给切出来，即U=(1  1  0),V=(-1  1  0) 。此时你会发现在MS中你切出来的晶胞的边长不再是a、b，而是U、V，而且U、V不和x、y轴重合，但这又不影响你后期build layer。(这就是我说你不必纠结的原因)
3、我建议你先切你所需要的表面，然后再supercell，这样更方便！
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用青春书写青春
9楼2015-01-21 14:38:41
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-21 14:08:40
mesh length的计算应该根据U V有一套计算公式，具体公式我不知道。
不过我觉得不必纠结于这个问题，U V按系统默认数据即可。
至于你说调节切出来的晶面的尺寸问题，通常的做法是，从一个晶胞开始，调节到自 ...

多谢哈。一般调整成U和V垂直，这样以后Supercell的时候表面也会是矩形。但这样的话截的时候V所在的截边会很长... 而且即使是用原胞去做一个截面，但是UV所在边长也是固定的，这样我的模拟系统里怎样取任意表面积的二氧化硅层呢？Supercell的时候只能填整数~
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10楼2015-01-21 15:53:05
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