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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 二氧化硅晶体cleave plane问题 已有1人参与

我用SiO2的晶胞,a=b=4.913437,c=5.405118。α=β=90°,γ=120°。在三维做了个8*8*8的超级晶胞然后用011面去截,请问图中的mesh lengthes是怎么确定的?修改不了,这个对于所截的面会有什么影响吗?

二氧化硅晶体cleave plane问题
11.jpg


二氧化硅晶体cleave plane问题-1
22.jpg
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月只蓝

主管区长 (职业作家)


吉米爱多(abinitio代发): 金币+1, 感谢精彩应助! 2015-01-21 15:31:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 10:19:08
谢谢呵呵。U,V应该是指在cleave plane位置确定后,确定截面的形状吧。改变U,V向量mesh length也会变不知道是怎么变的...

表示赞同,U V决定切出来的截面的形状和尺寸,不过只要cleave plane和position中的top确定之后,该截面暴露的原子群是完全一致的。此外,cleave plane确定之后,U V的数值能调节的范围需限定在指定的cleave plane确定的平面之内,即U V可调节的范围是有限的。
由于在暴露的原子组决定了表面性质,所以尽管截面形状尺寸可能不同,考虑到周期性,表面性质是一样的。

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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2015-01-21 10:37:09
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

★ ★
吉米爱多(abinitio代发): 金币+2, 感谢精彩应助! 2015-01-21 15:32:26
引用回帖:
6楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 13:49:26
谢谢详细解答~我用011面去截,U=(1,0,0),V开始是(0,1,-1),然后改成(1,2,-2),如图1和2。请问V改变之后,mesh length的变化是怎么来的呢?是为了保证cleave plane内所取截面在空间的周期性吗?(不知我表述 ...

mesh length的计算应该根据U V有一套计算公式,具体公式我不知道。
不过我觉得不必纠结于这个问题,U V按系统默认数据即可。
至于你说调节切出来的晶面的尺寸问题,通常的做法是,从一个晶胞开始,调节到自己想要的thickness,切割出晶面,然后根据后续需要(比如做分子力动力学计算要求结构的尺寸大于截断半径),再在build-symmetry--supercell中把该表面扩展。
如果一开始就把整个晶胞作三维扩展,再切割晶面,需要事先计算好,三维扩展的时候A B C的数值。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
8楼2015-01-21 14:08:40
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
10楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 15:53:05
多谢哈。一般调整成U和V垂直,这样以后Supercell的时候表面也会是矩形。但这样的话截的时候V所在的截边会很长... 而且即使是用原胞去做一个截面,但是UV所在边长也是固定的,这样我的模拟系统里怎样取任意表面积的 ...

不知道你这个任意表面积如何实现,因为按照我的理解,这些表面(二维的)或者slab(三维的)实际上都有周期性,表面是二维无限扩展的,slab是三维无限扩展的,顶多能限制最小重复单元的表面积而已。
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12楼2015-01-21 15:57:34
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
吉米爱多: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-01-21 22:42:02
引用回帖:
13楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 20:29:44
是的,比如UV垂直时,U=5,V=8。这样的话我在空间延展时,U方向的长度只能是5n,,V方向是8n,我想做一个5n*5n的表面,怎么实现呢~...

也许,你可以试试 右键--Lattice Parameters手动更改a b c的数值。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
14楼2015-01-21 21:57:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-01-21 23:03:55
我试了下改a,改小之后a方向实际上被压缩了...原子数并没有减少

aa.jpg

bb.jpg
...

我觉得强制改变abc的做法不可行,原结构中各原子之间存在作用力,且接近于平衡,压缩或者拉伸的做法显然会打破这种平衡。
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17楼2015-01-22 08:33:50
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