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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助gromacs高手~~~急！Orz~
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助gromacs高手~~~急！Orz~ 已有1人参与

需要用gromacs作配体和蛋白质的相互作用MD，处理小分子配体时，用的是amber的gaff力场，用gromacs准备蛋白质文件时应该用哪个力场呀~~另外gromacs中的那么多力场应该怎么选呢？怎样对应相应的力场处理配体呢？不懂~~急求~~
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1楼 2015-01-07 21:27:55
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fanc232

新虫 (小有名气)
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我很喜欢计算机辅助药物设计
7楼2015-01-09 10:31:31
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fanc232

新虫 (小有名气)
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我很喜欢计算机辅助药物设计
10楼2015-01-09 18:39:48
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fanc232

新虫 (小有名气)
★
笨笨猫123(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-10 14:17:17
引用回帖:
11楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-09 20:52:32
你成功装过么
...

在两个linux系统下成功装过，一个是Fedora linux，一个是Scientific linux。要是按照说明书还装不好，那就换一个linux系统吧。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
12楼2015-01-10 09:20:24
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
笨笨猫123(月只蓝代发): 金币+2, 感谢应助 2015-01-09 10:15:43
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF，但是需要自己转化，具体可以搜小木虫的精华帖，我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。
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2楼2015-01-08 00:35:15
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-08 00:35:15
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF，但是需要自己转化，具体可以搜小木虫的精华帖，我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。

你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么
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3楼2015-01-08 10:27:25
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笨笨猫123 at 2015-01-08 10:27:25
你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么...

小分子要另外处理 在修改文件
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4楼2015-01-08 12:21:10
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-08 12:21:10
小分子要另外处理 在修改文件...

谢谢~~
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5楼2015-01-08 17:44:24
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 笨笨猫123 at 2015-01-08 17:44:24
谢谢~~...

我问问你 你是怎么用amber处理小分子的。用的是破解的amber么？
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6楼2015-01-09 00:03:01
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-09 00:03:01
我问问你 你是怎么用amber处理小分子的。用的是破解的amber么？...

用tleap做的
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8楼2015-01-09 14:57:26
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fanc232 at 2015-01-09 10:31:31
AMBER Tools是免费的，用AMBER Tools处理小分子不行吗？...

amber tool不是要在有amber的前提下才可以装的么。我已经装了一下午了。还没摸出来
没碰过amber。。。
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9楼2015-01-09 17:07:41
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