应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助gromacs高手~~~急！Orz~
52/1返回列表
查看: 2011  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助gromacs高手~~~急！Orz~ 已有1人参与

需要用gromacs作配体和蛋白质的相互作用MD，处理小分子配体时，用的是amber的gaff力场，用gromacs准备蛋白质文件时应该用哪个力场呀~~另外gromacs中的那么多力场应该怎么选呢？怎样对应相应的力场处理配体呢？不懂~~急求~~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-01-07 21:27:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
★
笨笨猫123(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-10 14:17:17
引用回帖:
11楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-09 20:52:32
你成功装过么
...

在两个linux系统下成功装过，一个是Fedora linux，一个是Scientific linux。要是按照说明书还装不好，那就换一个linux系统吧。
赞一下(1人) 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
12楼2015-01-10 09:20:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
笨笨猫123(月只蓝代发): 金币+2, 感谢应助 2015-01-09 10:15:43
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF，但是需要自己转化，具体可以搜小木虫的精华帖，我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。
赞一下 回复此楼
2楼2015-01-08 00:35:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笨笨猫123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-08 00:35:15
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF，但是需要自己转化，具体可以搜小木虫的精华帖，我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。

你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么
赞一下 回复此楼
3楼2015-01-08 10:27:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笨笨猫123 at 2015-01-08 10:27:25
你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么...

小分子要另外处理 在修改文件
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-08 12:21:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭