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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助gromacs高手~~~急!Orz~ 已有1人参与

需要用gromacs作配体和蛋白质的相互作用MD,处理小分子配体时,用的是amber的gaff力场,用gromacs准备蛋白质文件时应该用哪个力场呀~~另外gromacs中的那么多力场应该怎么选呢?怎样对应相应的力场处理配体呢?不懂~~急求~~
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-08 00:35:15
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF,但是需要自己转化,具体可以搜小木虫的精华帖,我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。

你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么
3楼2015-01-08 10:27:25
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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笨笨猫123(月只蓝代发): 金币+2, 感谢应助 2015-01-09 10:15:43
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF,但是需要自己转化,具体可以搜小木虫的精华帖,我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。
2楼2015-01-08 00:35:15
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 笨笨猫123 at 2015-01-08 10:27:25
你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么...

小分子要另外处理 在修改文件
4楼2015-01-08 12:21:10
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-08 12:21:10
小分子要另外处理 在修改文件...

谢谢~~
5楼2015-01-08 17:44:24
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