24小时热门版块排行榜    

查看: 1939  |  回复: 12

笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助gromacs高手~~~急!Orz~ 已有1人参与

需要用gromacs作配体和蛋白质的相互作用MD,处理小分子配体时,用的是amber的gaff力场,用gromacs准备蛋白质文件时应该用哪个力场呀~~另外gromacs中的那么多力场应该怎么选呢?怎样对应相应的力场处理配体呢?不懂~~急求~~
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fanc232

新虫 (小有名气)

我很喜欢计算机辅助药物设计
7楼2015-01-09 10:31:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

我很喜欢计算机辅助药物设计
10楼2015-01-09 18:39:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)


笨笨猫123(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-10 14:17:17
引用回帖:
11楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-09 20:52:32
你成功装过么
...

在两个linux系统下成功装过,一个是Fedora linux,一个是Scientific linux。要是按照说明书还装不好,那就换一个linux系统吧。
我很喜欢计算机辅助药物设计
12楼2015-01-10 09:20:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
笨笨猫123(月只蓝代发): 金币+2, 感谢应助 2015-01-09 10:15:43
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF,但是需要自己转化,具体可以搜小木虫的精华帖,我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。
2楼2015-01-08 00:35:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-08 00:35:15
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF,但是需要自己转化,具体可以搜小木虫的精华帖,我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。

你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么
3楼2015-01-08 10:27:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 笨笨猫123 at 2015-01-08 10:27:25
你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么...

小分子要另外处理 在修改文件
4楼2015-01-08 12:21:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-08 12:21:10
小分子要另外处理 在修改文件...

谢谢~~
5楼2015-01-08 17:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 笨笨猫123 at 2015-01-08 17:44:24
谢谢~~...

我问问你 你是怎么用amber处理小分子的。用的是破解的amber么?
6楼2015-01-09 00:03:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-09 00:03:01
我问问你 你是怎么用amber处理小分子的。用的是破解的amber么?...

用tleap做的
8楼2015-01-09 14:57:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by fanc232 at 2015-01-09 10:31:31
AMBER Tools是免费的,用AMBER Tools处理小分子不行吗?...

amber tool不是要在有amber的前提下才可以装的么。我已经装了一下午了。还没摸出来
没碰过amber。。。
9楼2015-01-09 17:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 笨笨猫123 的主题更新
信息提示
请填处理意见