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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助gromacs高手~~~急！Orz~
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助gromacs高手~~~急！Orz~ 已有1人参与

需要用gromacs作配体和蛋白质的相互作用MD，处理小分子配体时，用的是amber的gaff力场，用gromacs准备蛋白质文件时应该用哪个力场呀~~另外gromacs中的那么多力场应该怎么选呢？怎样对应相应的力场处理配体呢？不懂~~急求~~
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1楼 2015-01-07 21:27:55
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by fanc232 at 2015-01-10 09:20:24
在两个linux系统下成功装过，一个是Fedora linux，一个是Scientific linux。要是按照说明书还装不好，那就换一个linux系统吧。...

谢谢 我的是mac 我再尝试几次 不行就换ubuntu了
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13楼2015-01-10 13:19:46
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
笨笨猫123(月只蓝代发): 金币+2, 感谢应助 2015-01-09 10:15:43
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF，但是需要自己转化，具体可以搜小木虫的精华帖，我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。
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2楼2015-01-08 00:35:15
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-01-08 00:35:15
处理蛋白用全原子立场OPLS-AA应该就可以了。amber等全原子力场都是从这发展起来的。
小分子的力场也可以用GAFF，但是需要自己转化，具体可以搜小木虫的精华帖，我记得有一片教程详细阐述了如何转化gaff到gromacs。

你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么
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3楼2015-01-08 10:27:25
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笨笨猫123 at 2015-01-08 10:27:25
你好~~你的意思是蛋白质和小分子只要都是全原子力场就可以么...

小分子要另外处理 在修改文件
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4楼2015-01-08 12:21:10
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