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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Forcite吸附结构优化
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xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头

[求助] Forcite吸附结构优化 已有1人参与

假设吸附质为A，吸附剂为B，则用Dmol或者CASTEP模块对吸附质A，对吸附剂B，和(A+B)整个结构优化，分别得到的能量为EA，EB和E(A+B)。则吸附能E=EA+EB-E(A+B)。用这两个模块通过这个公式可以得到吸附能。
但是我现在对于同样的问题，用的是Forcite模块中的Geometry Optimization，同样能得到上面的三个参数，请问还是用E=EA+EB-E(A+B)这个公式，得到的是吸附能吗？
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1楼 2014-12-22 19:42:37
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xb490284223: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-12-23 12:55:26
Dmol或者CASTEP属于量子化学模块，在分子优化的时候考虑了原子核外电子，优化得到的构型和能量比较准确，但是需要设计多个原始构型，因为它只能找到局部最优。
Forcite属于分子动力学模块，把原子看成质点，能找到全局最优，但是光优化不够，最好做做动力学，通过统计得到的吸附能才有说服力。
若楼主分子不大，结构式简单，建议用量化模块，但是要充分考虑所有可能的构型
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2楼2014-12-23 08:29:01
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xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头
引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-12-23 08:29:01
Dmol或者CASTEP属于量子化学模块，在分子优化的时候考虑了原子核外电子，优化得到的构型和能量比较准确，但是需要设计多个原始构型，因为它只能找到局部最优。
Forcite属于分子动力学模块，把原子看成质点，能找到 ...

非常感谢你的回答。我还有一些问题：
1.我是计算的聚合物纤维素吸附气体分子，可以考虑用纤维素单体。我以前考虑过用DMol，但是纤维素结构中有苯环，和金属原子吸附气体不太一样，感觉无法用简单的定位，桥位来判断的原始构型。也没找到相关文献，希望你给予帮助。
2.我用Forcite进行了结构优化后，用dynamic进行动力学计算，如何查看其吸附能，这个我没找到，求解释。
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3楼2014-12-23 09:49:45
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xb490284223: 金币+5, ★有帮助 2014-12-23 12:56:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by xb490284223 at 2014-12-23 09:49:45
非常感谢你的回答。我还有一些问题：
1.我是计算的聚合物纤维素吸附气体分子，可以考虑用纤维素单体。我以前考虑过用DMol，但是纤维素结构中有苯环，和金属原子吸附气体不太一样，感觉无法用简单的定位，桥位来判 ...

1. 你可以考虑下sorption这个模块
2. 吸附能不是直接查看的，用你列出的那个公式去计算
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4楼2014-12-23 11:18:07
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xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头
引用回帖:
4楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-12-23 11:18:07
1. 你可以考虑下sorption这个模块
2. 吸附能不是直接查看的，用你列出的那个公式去计算...

好的。暂时明白了。再请教个问题：
我根据文献提供的原子坐标和空间群画好了分子结构晶胞。然后将其中的分子结构复制出来，重新用AC放入盒子中，这时盒子的晶格参数和之前的晶格参数不一样。此时我对整个结构进行优化，请问还需要进行晶胞优化吗？
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5楼2014-12-23 12:56:46
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