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0751cj

铜虫 (正式写手)

[求助] abinit编译错误 已有1人参与

configure成功了,然后make后出现如下错误
Fatal Error: File 'defs_basis.mod' opened at (1) is not a GFORTRAN module file

make[3]: *** [m_optim_dumper.o] Error 1

make[3]: Leaving directory `/home/material/chenjian114/abinit-7.8.2/src/10_dumpinfo'

make[2]: *** [all-recursive] Error 1

make[2]: Leaving directory `/home/material/chenjian114/abinit-7.8.2/src'

make[1]: *** [all-recursive] Error 1

make[1]: Leaving directory `/home/material/chenjian114/abinit-7.8.2'

make: *** [all] Error 2

[chenjian114@lu01 abinit-7.8.2]$

这怎么解决?能具体点吗,linux和abinit都是初学
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无暇空闲
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 0751cj at 2014-12-22 00:20:15
那么说是编译成功了?我怎么调用这个程序啊,输入文件都建好了,按教材./abinit/src/main/abinit<test_file>&log 好像不行...

确定编译通过了吗?只给了configure的输出啊,没有make的。
abinit主程序在configure的时候参数指定的prefix目录的bin目录下面。
6楼2014-12-22 00:32:26
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普通回帖

KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
0751cj(ljw4010代发): 金币+1, 谢谢交流! 2014-12-19 18:55:43
0751cj: 金币+14, ★★★★★最佳答案 2014-12-22 00:17:35
是用gfortran的吗?
这看起来是用其他编译器曾经编译过了但没有make clean导致的错误。
2楼2014-12-19 11:10:30
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0751cj

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-12-19 11:10:30
是用gfortran的吗?
这看起来是用其他编译器曾经编译过了但没有make clean导致的错误。

谢谢啊,确实是这个问题,但是make clean 过后又出现这个问题,是什么原因?

ummary of important options:



  * C compiler      : intel version 13.1

  * Fortran compiler: intel version 13.1

  * architecture    : intel xeon (64 bits)



  * debugging       : basic

  * optimizations   : standard



  * OpenMP enabled  : no (collapse: ignored)

  * MPI    enabled  : yes

  * MPI-IO enabled  : auto

  * GPU    enabled  : no (flavor: none)



  * TRIO   flavor = none

  * TIMER  flavor = abinit (libs: ignored)

  * LINALG flavor = netlib (libs: auto-detected)

  * ALGO   flavor = none (libs: ignored)

  * FFT    flavor = none (libs: ignored)

  * MATH   flavor = none (libs: ignored)

  * DFT    flavor = libxc-fallback



Configuration complete.

You may now type "make" to build ABINIT.

(or, on a SMP machine, "make mj4", or "make multi multi_nprocs=<n>"
无暇空闲
3楼2014-12-20 20:42:04
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 0751cj at 2014-12-20 20:42:04
谢谢啊,确实是这个问题,但是make clean 过后又出现这个问题,是什么原因?

ummary of important options:



  * C compiler      : intel version 13.1

  * Fortran compiler: intel version 13.1

...

哪个问题?你上面给的没有错误。
4楼2014-12-21 11:41:20
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0751cj

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-12-21 11:41:20
哪个问题?你上面给的没有错误。...

那么说是编译成功了?我怎么调用这个程序啊,输入文件都建好了,按教材./abinit/src/main/abinit<test_file>&log 好像不行
无暇空闲
5楼2014-12-22 00:20:15
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0751cj

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-12-22 00:32:26
确定编译通过了吗?只给了configure的输出啊,没有make的。
abinit主程序在configure的时候参数指定的prefix目录的bin目录下面。...

make 后出现这写错误
catastrophic error: **Internal compiler error: internal abort** Please report this error along with the circumstances in which it occurred in a Software Problem Report.  Note: File and line given may not be explicit cause of this error.
compilation aborted for prep_fourwf.F90 (code 1)
make[3]: *** [prep_fourwf.o] Error 1
make[3]: Leaving directory `/home/material/chenjian114/abinit-7.8.2/src/66_wfs'
make[2]: *** [all-recursive] Error 1
make[2]: Leaving directory `/home/material/chenjian114/abinit-7.8.2/src'
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/material/chenjian114/abinit-7.8.2'
make: *** [all] Error 2

怎么办啊
无暇空闲
7楼2014-12-22 11:17:36
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 0751cj at 2014-12-22 11:17:36
make 后出现这写错误
catastrophic error: **Internal compiler error: internal abort** Please report this error along with the circumstances in which it occurred in a Software Problem Report.  Note:  ...

configure的参数是什么?
8楼2014-12-22 11:29:24
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cylan

木虫 (正式写手)

用google搜how to install abinit on ubuntu OS,会搜到abinit论坛中的教程,还有就是youtube上有专门一个视频教你怎么安装的。
9楼2014-12-22 11:57:14
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0751cj

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-12-22 11:29:24
configure的参数是什么?...

使用的是cfg_intel,里面有
./configure FC=mpiifort   CC=mpiicc FC_LDFLAGS=-mkl \
--enable-mpi=yes \
--prefix=$HOME/local/abinit782 \
--with-dft-flavor=libxc

# --with-dft-flavor=libxc+wannier90+bigdft

# --with-dft-flavor=libxc+wannier90+atompaw+bigdft
~                                                                                                                                      
~                                                                                                                                      
~                                                                                                                                      
~
无暇空闲
10楼2014-12-22 22:07:12
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