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lidx123

木虫 (小有名气)

[求助] Abinit网站中最新的PAW赝势库如何处理 已有1人参与

请问Abinit网站中最新的PAW赝势库，下载下来的赝势的格式为.xml，怎么将其转化为可用于计算的格式？

Abinit网站中最新的PAW赝势库如何处理
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1楼 2014-10-07 17:26:15
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lidx123: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢，试一下 2014-10-08 13:27:55
旧版的ABINIT不支持，得用AtomPAW提供的，新版直接用就行。
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2楼2014-10-07 19:45:52
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lidx123

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-10-07 19:45:52
旧版的ABINIT不支持，得用AtomPAW提供的，新版直接用就行。

但是我试着装了最新版的7.8.2
结果计算时出现：
administrator@ubuntu:~/lidx/js123$ abinit < tpaw.files > tmp-log

--- !ERROR
message: |
    Cannot use LibXC functional because ABINIT is not compiled with LibXC !
src_file: m_pawpsp.F90
src_line: 4712
...
这是怎么回事？
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3楼2014-10-08 22:03:53
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lidx123 at 2014-10-08 22:03:53
但是我试着装了最新版的7.8.2
结果计算时出现：
administrator@ubuntu:~/lidx/js123$ abinit < tpaw.files > tmp-log

--- !ERROR
message: |
    Cannot use LibXC functional because ABINIT is not ...

编译ABINIT的时候要包括libxc。
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4楼2014-10-08 22:25:35
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lidx123

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-10-08 22:25:35
编译ABINIT的时候要包括libxc。...

具体如何编译，能否给出具体命令？
或者如何安装libxc？
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5楼2014-10-08 23:01:43
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by lidx123 at 2014-10-08 23:01:43
具体如何编译，能否给出具体命令？
或者如何安装libxc？...

参见程序自己的说明，configure的时候加上选项
--with-dft-flavor=libxc
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6楼2014-10-08 23:16:02
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lidx123

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-10-08 23:16:02
参见程序自己的说明，configure的时候加上选项
--with-dft-flavor=libxc...

已经下载了libxc
# ./configure --with-dft-flavor=libxc
#make
#make install
但是在# ./configure --with-dft-flavor=libxc时，出现configure: WARNING: unrecognized options: --with-dft-flavor
接下来的make,出现：
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
接着make install时，出现错误
administrator@ubuntu:~/lidx/libxc-2.0.1$ sudo make install
[sudo] password for administrator:
Making install in build
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/build'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/build'
make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/lib/pkgconfig'
/usr/bin/install -c -m 644 libxc.pc '/opt/etsf/lib/pkgconfig'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/build'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/build'
Making install in src
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
make  install-am
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
make[3]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/lib'
/bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libxc.la '/opt/etsf/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libxc.lai /opt/etsf/lib/libxc.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libxc.a /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: install: chmod 644 /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: install: ranlib /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: finish: PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/sbin" ldconfig -n /opt/etsf/lib
----------------------------------------------------------------------
Libraries have been installed in:
   /opt/etsf/lib

If you ever happen to want to link against installed libraries
in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and
specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR'
flag during linking and do at least one of the following:
   - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable
     during execution
   - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable
     during linking
   - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag
   - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf'

See any operating system documentation about shared libraries for
more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages.
----------------------------------------------------------------------
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/include'
/usr/bin/install -c -m 644 xc.h xc_config.h '/opt/etsf/include'
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/include'
/usr/bin/install -c -m 644 xc_funcs.h libxc_funcs_m.mod xc_f90_lib_m.mod xc_f90_types_m.mod '/opt/etsf/include'
make[3]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/src'
Making install in testsuite
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
make[2]: Nothing to be done for `install-data-am'.
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1/testsuite'
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
/bin/mkdir -p '/opt/etsf/include'
/usr/bin/install -c -m 644 xc_version.h '/opt/etsf/include'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/libxc-2.0.1'
administrator@ubuntu:~/lidx/libxc-2.0.1$
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7楼2014-10-08 23:43:51
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lidx123: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-10-09 17:26:53
libxc不是单独装的，是在abinit的configure的时候加上的选项。
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8楼2014-10-09 00:22:13
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lidx123

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-10-09 00:22:13
libxc不是单独装的，是在abinit的configure的时候加上的选项。

请问在abinit的configure的时候
命令为：./configure --with-dft-flavor=libxc
但是make时，出现一下错误：
make[3]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2

sudo make install时，出现：
nit-test/doc/help_make'
make[3]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make[1]: Entering directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[2]: Entering directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
/usr/bin/install -c -d -m 755 /usr/local/lib/pkgconfig
/usr/bin/install -c -m 644 -m 644 config.pc \
         /usr/local/lib/pkgconfig/abinit.pc
make[2]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'
make[1]: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2'

请问这怎么解决，是不是需要把“libxc”文件放在什么地方，再进行configure？
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9楼2014-10-09 17:35:04
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lidx123: 金币+4, ★★★很有帮助, 还有就是，利用2013.9月产生的XML赝势就不会出现此错误信息了。 2014-10-13 16:12:02
引用回帖:
9楼: Originally posted by lidx123 at 2014-10-09 17:35:04
请问在abinit的configure的时候
命令为：./configure --with-dft-flavor=libxc
但是make时，出现一下错误：
make: Leaving directory `/home/administrator/lidx/abinit-7.8.2/tests'
make: Leaving director ...

这不是错误，是正常结束信息。
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10楼2014-10-10 19:25:50
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