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银虫 (小有名气)

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[求助] 关于Material Studio 的pdb输出档已有1人参与

先说一下，我想问的问题其实跟分子模拟其实没什么关系…

情况是这样的。我个人目前使用NAMD作模拟动力学计算，我的做法是先在Material Studio 或者是Gaussian 下创建我所需要的单体分子/聚合物以及作前处理(能量优化，计算电荷，etc……)，甚至是用Amorphous Tools把分子放进盒子后，再输出成NAMD所需要的pdb文件。总之流程是这样：

用 Gaussian 创建分子并且做结构优化和电荷计算后，输出成pdb文件
-> 用 MS 读取该 pdb文件，用 Amorphous Tools 把分子放进盒子里
-> 将得到的 xtd 文件输出成pdb文件，用于NAMD
(这个过程可能不完全正确甚至有点麻烦，但至少我目前的确是这样做的)

问题来了，我从MS转换输出最后的pdb文件，分子的残基序号都是相同的，举例来说：

HETATM 1  OH2 HOH W 1
HETATM 2  H1  HOH W 1
HETATM 3  H2  HOH W 1
TER    4
HETATM 5  OH2 HOH W 1
HETATM 6  H1  HOH W 1
HETATM 7  H2  HOH W 1
TER    8
HETATM 9  OH2 HOH W 1
HETATM 10  H1  HOH W 1
HETATM 11  H2  HOH W 1
TER    12

可以发现3个水分子的残基序号都是1，这样的pdb文件在产生psf文件的过程中肯定会出错。相反的，如果是在MS下直接画好水分子并且输出成pdb文件的话，就不会有这种情况发生：

ATOM    1  O1  MOL    1
ATOM    2  H2  MOL    1
ATOM    3  H3  MOL    1
ATOM    4  O4  MOL    2
ATOM    5  H5  MOL    2
ATOM    6  H6  MOL    2
ATOM    7  O7  MOL    3
ATOM    8  H8  MOL    3
ATOM    9  H9  MOL    3
TER    10

回到主题，我目前的解决方式是用文本编辑器开启pdb文件后手动修改残基序号，但效率太低…只有几个分子的话还好处理，如果是几千个分子……

因此我的问题很简单：有没有什么办法让MS在输出pdb文件时自动修改残基序号? 或者是有没有什么办法可以快速修改残基序号(比方说写脚本?)

有点太啰嗦了，总之想请各位虫友指点一下迷津，感激不尽!

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1楼 2014-12-13 16:45:24

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qchem

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【答案】应助回帖

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这个可能是不同的软件输出的格式差别
用第三方软件转转？

或者自己写个小程序搞搞

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