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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » 关于material studio的问题
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wtt880615

木虫 (小有名气)

[求助] 关于material studio的问题

大家好，我有两个问题：
一：我想问一下为什么我在MS中建周期性结构时，在外面的分子会自动多很多键？如下图。
二：怎样建周期性的构型？我知道一种方法是在MS里找最小重复单元，然后把每个unicell边界上的键都连起来，但是总觉得这种方法只适合结构比较有序对称性较高的。
谢谢大家~
关于material studio的问题
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1楼 2013-08-20 21:39:48
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fegg7502: 金币+1, 3ks，， 2013-08-21 11:59:33
问题一：这正是系统周期性的表现；
问题二：对于晶体而言，晶胞本身就是周期性的；构建超晶胞可以让待研究体系更大，同时满足周期性。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2013-08-20 22:53:43
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wtt880615

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-08-20 22:53:43
问题一：这正是系统周期性的表现；
问题二：对于晶体而言，晶胞本身就是周期性的；构建超晶胞可以让待研究体系更大，同时满足周期性。

你看一下图上的碳，连了很多键，周期性的也不能超过四个吧？
第二个问题，我想问的是怎么建构型，我现有的结构也不是晶体，只是在高斯中画的分子。
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3楼2013-08-20 23:07:12
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
怎样建周期性的构型？ 建超胞
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快乐吧
4楼2013-08-20 23:28:36
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-21 11:59:46
wtt880615: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 我知道怎么解决了，非常感谢你的耐心回答。 2013-08-21 18:47:42
引用回帖:
3楼: Originally posted by wtt880615 at 2013-08-20 23:07:12
你看一下图上的碳，连了很多键，周期性的也不能超过四个吧？
第二个问题，我想问的是怎么建构型，我现有的结构也不是晶体，只是在高斯中画的分子。...

其一，在build-bond中设置一下，目前的情况应该是系统自动计算的；
其二，如果该分子有晶体结构，则查找对应的晶体结构，晶胞自然是周期性的；如果只是孤立的分子，计算模块需要体系是周期性的，则自己建一个P1的晶格，把分子放进晶格中。
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5楼2013-08-20 23:38:09
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wtt880615

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-08-20 23:38:09
其一，在build-bond中设置一下，目前的情况应该是系统自动计算的；
其二，如果该分子有晶体结构，则查找对应的晶体结构，晶胞自然是周期性的；如果只是孤立的分子，计算模块需要体系是周期性的，则自己建一个P1的 ...

不好意思，能不能再具体点，到底如何设置？谢谢
关于material studio的问题-1
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6楼2013-08-21 09:25:56
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
★
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-21 11:59:57
引用回帖:
6楼: Originally posted by wtt880615 at 2013-08-21 09:25:56
不好意思，能不能再具体点，到底如何设置？谢谢

11.png
...

Options的下栏的三个选项，勾选一个，然后calculate。
其实一般，不会出现这种问题的。不知道你的分子是怎么来的，看你一楼的图，是有晶格的。如果你是要用MS做计算，就在MS画分子，画好的分子一般不会出现成键错误这种问题。
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7楼2013-08-21 11:11:31
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wtt880615

木虫 (小有名气)
★
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-21 12:00:16
引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-08-21 11:11:31
Options的下栏的三个选项，勾选一个，然后calculate。
其实一般，不会出现这种问题的。不知道你的分子是怎么来的，看你一楼的图，是有晶格的。如果你是要用MS做计算，就在MS画分子，画好的分子一般不会出现成键错 ...

我的分子结构是自己画的，在高斯里优化完，想拿来建周期性的结构的，图中的晶格是我自己build crystal自己加的，加晶格时，如果晶格比分子本身大，就没问题。如果加的晶格比分子小，就会出现一楼图中的问题（多出来很多键）
我刚刚按你说的方法calculate后还是不行。
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8楼2013-08-21 11:21:32
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