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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » material studio 计算氧气分子
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zpawl

铜虫 (小有名气)

[求助] material studio 计算氧气分子 已有3人参与

怎么在castep里构建O2分子呢？
我想计算O的化学势，所以想先计算O2的能量，用计算O2的total energy 除以2得到O的化学势，不知这样可以吗？
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1楼 2014-03-21 12:50:42
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

雨轩36

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zpawl: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-04-02 21:53:33
1、先构建一个3D Atomistic文件（即构建一个3D物件视窗）；2、在Build——>Crystals——>Build Crystals，这样就构建出了一个立方晶格空间。这个你肯定会。3、Build——>Add Atoms——>选择O原子，在把xyz坐标改为0.5、0.5、0.5，这样就在立方晶格中央构建出了一个O原子，你再用添加原子的笔在那个O原子上加上去一个O原子，就构建出了可以计算氧分子能量的模型。4、单独计算O原子的话，不再添加第二个O原子就行。
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8楼2014-04-01 18:40:22
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:09:32
构建一个15x15.5x16 box 把O2放进去 结构优化然后单点能计算即可
可以
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2楼2014-03-21 13:08:12
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:09:44
zpawl: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-26 12:39:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by zpawl at 2014-03-21 13:36:07
为什么要建15*15.5*16的格子呢？
另外怎么把O2放进去的，具体操作不太会。。。
另外氧分子的键长是0.1209nm吗？
不优化结构直接算能量不行吗？...

破坏对称性 不破坏也行  两者均可
自己看ms的help文档
是的
不行
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4楼2014-03-21 14:13:10
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普通回帖

zpawl

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-21 13:08:12
构建一个15x15.5x16 box 把O2放进去 结构优化然后单点能计算即可
可以

为什么要建15*15.5*16的格子呢？
另外怎么把O2放进去的，具体操作不太会。。。
另外氧分子的键长是0.1209nm吗？
不优化结构直接算能量不行吗？
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3楼2014-03-21 13:36:07
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yellow622

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:09:54
建立一个10x10x10的立方体晶格把一个氧原子放进去，然后优化一下再计算能量就可以了
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5楼2014-03-22 08:58:31
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雨轩36

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

解决了没，没有的话我再给你说具体步骤。
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6楼2014-03-30 16:04:34
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zpawl

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 雨轩36 at 2014-03-30 16:04:34
解决了没，没有的话我再给你说具体步骤。

您可以具体说一下，我检查下自己做的对不对
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7楼2014-03-31 21:27:13
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zpawl

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 雨轩36 at 2014-04-01 18:40:22
1、先构建一个3D Atomistic文件（即构建一个3D物件视窗）；2、在Build——>Crystals——>Build Crystals，这样就构建出了一个立方晶格空间。这个你肯定会。3、Build——>Add Atoms——>选择O原子，在把 ...

十分感谢，我之前就是用这种方法计算的单个氧原子。
另外问个问题，构建氧分子的时候，您说在原来O原子上直接用笔再添加一个O原子，这样子的话键长能保证是氧分子的键长吗？不用自己设置吗？一般设置好，最后运行的时候，系统会问计算是按对称性计算还是用P1计算？我应该选哪个呢？
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9楼2014-04-02 21:52:48
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雨轩36

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zpawl: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-04-04 08:24:04
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-14 21:39:37
要设置，可以根据经验、文献，你上面那个也可以，用对称性。
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10楼2014-04-03 23:38:43
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