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wtt880615

木虫 (小有名气)

[求助] 关于material studio的问题

大家好,我有两个问题:
一:我想问一下为什么我在MS中建周期性结构时,在外面的分子会自动多很多键?如下图。
二:怎样建周期性的构型?我知道一种方法是在MS里找最小重复单元,然后把每个unicell边界上的键都连起来,但是总觉得这种方法只适合结构比较有序对称性较高的。
谢谢大家~
关于material studio的问题
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
fegg7502: 金币+1, 3ks,, 2013-08-21 11:59:33
问题一:这正是系统周期性的表现;
问题二:对于晶体而言,晶胞本身就是周期性的;构建超晶胞可以让待研究体系更大,同时满足周期性。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2013-08-20 22:53:43
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wtt880615

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-08-20 22:53:43
问题一:这正是系统周期性的表现;
问题二:对于晶体而言,晶胞本身就是周期性的;构建超晶胞可以让待研究体系更大,同时满足周期性。

你看一下图上的碳,连了很多键,周期性的也不能超过四个吧?
第二个问题,我想问的是怎么建构型,我现有的结构也不是晶体,只是在高斯中画的分子。
3楼2013-08-20 23:07:12
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
怎样建周期性的构型? 建超胞
快乐吧
4楼2013-08-20 23:28:36
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-21 11:59:46
wtt880615: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 我知道怎么解决了,非常感谢你的耐心回答。 2013-08-21 18:47:42
引用回帖:
3楼: Originally posted by wtt880615 at 2013-08-20 23:07:12
你看一下图上的碳,连了很多键,周期性的也不能超过四个吧?
第二个问题,我想问的是怎么建构型,我现有的结构也不是晶体,只是在高斯中画的分子。...

其一,在build-bond中设置一下,目前的情况应该是系统自动计算的;
其二,如果该分子有晶体结构,则查找对应的晶体结构,晶胞自然是周期性的;如果只是孤立的分子,计算模块需要体系是周期性的,则自己建一个P1的晶格,把分子放进晶格中。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
5楼2013-08-20 23:38:09
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wtt880615

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-08-20 23:38:09
其一,在build-bond中设置一下,目前的情况应该是系统自动计算的;
其二,如果该分子有晶体结构,则查找对应的晶体结构,晶胞自然是周期性的;如果只是孤立的分子,计算模块需要体系是周期性的,则自己建一个P1的 ...

不好意思,能不能再具体点,到底如何设置?谢谢
关于material studio的问题-1
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6楼2013-08-21 09:25:56
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月只蓝

主管区长 (职业作家)


fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-21 11:59:57
引用回帖:
6楼: Originally posted by wtt880615 at 2013-08-21 09:25:56
不好意思,能不能再具体点,到底如何设置?谢谢

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...

Options的下栏的三个选项,勾选一个,然后calculate。
其实一般,不会出现这种问题的。不知道你的分子是怎么来的,看你一楼的图,是有晶格的。如果你是要用MS做计算,就在MS画分子,画好的分子一般不会出现成键错误这种问题。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
7楼2013-08-21 11:11:31
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wtt880615

木虫 (小有名气)


fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-21 12:00:16
引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-08-21 11:11:31
Options的下栏的三个选项,勾选一个,然后calculate。
其实一般,不会出现这种问题的。不知道你的分子是怎么来的,看你一楼的图,是有晶格的。如果你是要用MS做计算,就在MS画分子,画好的分子一般不会出现成键错 ...

我的分子结构是自己画的,在高斯里优化完,想拿来建周期性的结构的,图中的晶格是我自己build crystal自己加的,加晶格时,如果晶格比分子本身大,就没问题。如果加的晶格比分子小,就会出现一楼图中的问题(多出来很多键)
我刚刚按你说的方法calculate后还是不行。
8楼2013-08-21 11:21:32
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