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gn02530640银虫 (小有名气)
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关于Material Studio 的pdb输出档 已有1人参与
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先说一下，我想问的问题其实跟分子模拟其实没什么关系… 情况是这样的。我个人目前使用NAMD作模拟动力学计算，我的做法是先在Material Studio 或者是Gaussian 下创建我所需要的单体分子/聚合物以及作前处理(能量优化，计算电荷，etc……)，甚至是用Amorphous Tools把分子放进盒子后，再输出成NAMD所需要的pdb文件。总之流程是这样： 用 Gaussian 创建分子并且做结构优化和电荷计算后，输出成pdb文件 -> 用 MS 读取该 pdb文件，用 Amorphous Tools 把分子放进盒子里 -> 将得到的 xtd 文件输出成pdb文件，用于NAMD (这个过程可能不完全正确甚至有点麻烦，但至少我目前的确是这样做的) 问题来了，我从MS转换输出最后的pdb文件，分子的残基序号都是相同的，举例来说： HETATM 1 OH2 HOH W 1 HETATM 2 H1 HOH W 1 HETATM 3 H2 HOH W 1 TER 4 HETATM 5 OH2 HOH W 1 HETATM 6 H1 HOH W 1 HETATM 7 H2 HOH W 1 TER 8 HETATM 9 OH2 HOH W 1 HETATM 10 H1 HOH W 1 HETATM 11 H2 HOH W 1 TER 12 可以发现3个水分子的残基序号都是1，这样的pdb文件在产生psf文件的过程中肯定会出错。相反的，如果是在MS下直接画好水分子并且输出成pdb文件的话，就不会有这种情况发生： ATOM 1 O1 MOL 1 ATOM 2 H2 MOL 1 ATOM 3 H3 MOL 1 ATOM 4 O4 MOL 2 ATOM 5 H5 MOL 2 ATOM 6 H6 MOL 2 ATOM 7 O7 MOL 3 ATOM 8 H8 MOL 3 ATOM 9 H9 MOL 3 TER 10 回到主题，我目前的解决方式是用文本编辑器开启pdb文件后手动修改残基序号，但效率太低…只有几个分子的话还好处理，如果是几千个分子…… 因此我的问题很简单：有没有什么办法让MS在输出pdb文件时自动修改残基序号? 或者是有没有什么办法可以快速修改残基序号(比方说写脚本?) 有点太啰嗦了，总之想请各位虫友指点一下迷津，感激不尽! |
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