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HSE06

新虫 (小有名气)

[求助] 求助GROMACS中周期性边界条件可以只取一個方向吗? 已有3人参与

麻烦请教各位,
GROMACS中周期性边界条件可以只取一個方向吗?

我测试了只取Z轴方向周期性,但是发现提示错误,
Invalid enum 'z' for variable pbc, using 'xyz'
  Next time use one of: 'xyz' 'no' 'xy' 'screw'。
手册上也是提示可以选则xy, no 和xyz。

所以比较困惑,是不是 GROMACS 不可以选择Z方向周期性呢?
非常感谢大家的帮助。
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
gromacs只支持在xyz和xy方向的周期性,不支持单独方向上的周期性

[ 发自小木虫客户端 ]
只做不说,明知没地位,坚信有机会
3楼2014-12-02 23:03:18
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查看全部 4 个回答

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没用过这个软件,不过从模型上来理解,应该没法设置一个方向的周期边界条件吧。二维的是膜,一维是什么?

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-12-01 21:35:36
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
现在不支持单方向的 5.0以后新版本我还没接触过 或许支持了?
4楼2014-12-03 08:48:23
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