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段丹

新虫 (初入文坛)

[交流] q RT-PCR

有做荧光定量pcr 的,用的是荧光染料sybr green 法, 在做标准曲线时,按十倍的稀释梯度稀释了8个,最后三个值退火温度小于80,我跑电泳,最后三个啥也没有,连二聚体的影子都没有,这是什么原因呢,怎么改进呢?
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bbqlhb

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 段丹 at 2014-12-10 18:53:49
那这个额根据ct 值怎么看稀释的浓度呢,...

2次扩增,然后CT值是扩增倍数,就是2的X次方(X是CT值之间的差),然后看你做什么,不同试剂有不同的,但是你可以照上面的来算。
例如:我一次实验40个循环。原始CT是23,稀释10倍的话,CT差是3.32。做5个循环,预估CT值就是23、26、29、33、36。在40的范围之内,实验方案就可行。
7楼2014-12-11 09:08:27
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董博士

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
说明后面三个的DNA浓度稀释的太低了,没有达到扩增的浓度要求
医学&统计学
2楼2014-12-02 15:45:58
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bbqlhb

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你好厉害,你的稀释倍数应该是由你的原始浓度决定的,正常来说是应该先做一孔原始样本,知道CT值再来决定稀释多少倍。
3楼2014-12-02 16:03:08
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
段丹: 金币+1, 嗯,很具体! 2014-12-10 18:52:38
3楼说的是对的,你可以这样做,先做一个原始样本的的CT值,根据你原始样本的CT值,在决定你的稀释倍数,对于如何确定稀释倍数,你可以通过你的扩增曲线或者CT值来决定,1.CT值大于30  建议减少稀释倍数(你做8个梯度 太多了 建议做5个梯度)2.在扩增曲线上来看的话  稀释相同倍数的话  曲线的间隔一般是相同的 如果样本浓度太低还惊醒稀释的话 其扩增曲线的间隔是不一致的。至于最后三个的退火温度小于80°,分析是因为 CDNA模板浓度太低 导致QPCR扩增结果几乎没有,而形成的引物二聚(你电泳跑胶二聚体 没有 也只能说明二聚体浓度太低 胶上没有 但是QPCR仪器很灵敏 微量也能检测出来) 希望对你有用 手打不容易
生命不息奋斗不止
4楼2014-12-02 17:01:32
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