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霍烨zz

银虫 (小有名气)

[求助] RNA提取及电泳已有1人参与

提取的肠道粘膜RNA,测了OD值,结果如下:
RNA提取及电泳

还想检测下完整性,所以跑了电泳
用的是1%琼脂糖+2ul golden view
5ul RNA + 5ul 2X RNA loading dye (65℃,变性10min)
然后110V,跑了30min,结果却是这么个样子:(上样量8ul)

RNA提取及电泳-1

不知道是出了什么问题呢?

另,因为是要做转录组测试,所以公司对样品要求比较严格,说是跑胶必须是28S和18S两条带的比例接近2
但我有个疑问,就是转录组测序主要是针对mRNA,而mRNA在total RNA中只占1~5%,几乎都不能在胶上看到,那么电泳胶没跑好就一定意味着做不了测序吗?
像我这种情况送样给公司,能有多大把握成功测序?
谢谢大家了!!
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liubolin945

铁虫 (小有名气)

朋友你好
我感觉你的OD值很好,很齐整,我提取的RNA测OD值结果很差,虽然比值不错,但是A260和A280的稳定性很差,各个样品差异很大,请问这样有影响吗、
QQ:277046172
15楼2015-03-22 12:33:28
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哈斗

新虫 (初入文坛)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-11-21 23:22:06
通过28S和18S两条带的比例接近2来判断RNA有无降解,是方法之一。送样到公司后,他们会对RNA做质检的,我们送的公司,出具了安捷伦2100质检报告给我们,以RIN值来判断。跑琼脂糖电泳,影响因素比较多,有可能是电泳过程中引起的降解。还有你送样的是RNA,万一运输路上降解算谁的?不如直接让公司抽提更保险。

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2楼2014-11-20 09:27:14
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leopard2011

新虫 (初入文坛)

RNA要稀释的,不稀释用原液跑胶就是这样,你稀释30-100倍看看

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3楼2014-11-20 09:45:01
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
霍烨zz: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-20 10:15:14
RNA应该还是不错的,只是你点的太多,胶也做得不怎么好,所以图不好

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-11-20 09:50:48
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