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lltyy

金虫 (小有名气)

[求助] 结构优化后的笛卡尔坐标在哪里找呢？ 已有3人参与

审稿人意见，Cartesian coordinates of all the optimized geometries should be provided in the supporting information.
是不是要增加优化结构的笛卡尔坐标呢？不是搞计算的，不太懂，能不能请各位大神指教如何在计算结果里找到这一数据，万分感谢！
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1楼 2014-11-17 01:11:31
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2014-11-17 07:53:17
lltyy: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-11-17 17:56:36
一般在优化计算的输出文件末尾，最后一组结构坐标即是
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2楼2014-11-17 06:59:39
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ZJboy

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
其实用GV打开输出文件，再保存成输入文件，就会在输入文件中产生笛卡尔坐标。
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3楼2014-11-18 09:53:27
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lltyy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ZJboy at 2014-11-18 02:53:27
其实用GV打开输出文件，再保存成输入文件，就会在输入文件中产生笛卡尔坐标。

第一个原子的坐标是0 0 0吗？
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4楼2014-11-18 17:43:16
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羊羊甜点屋0

铜虫 (正式写手)
是模拟的结果吧？在molden.dat的文件里。
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5楼2014-11-19 20:53:42
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)
你的计算结果都写成论文了，还不知道怎么找分子坐标
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6楼2014-11-20 00:12:44
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2014-11-20 01:46:04
lltyy: 金币+10, ★★★很有帮助, 专业 2014-11-20 02:05:26
如果是z矩阵结构输入，并且用默认的冗余内坐标方法优化，优化后的结构参数回在输出文件末尾显示（如果同时指定了opt freq，则在频率计算的步骤之前）。

如果用z矩阵坐标，z矩阵优化，并且指定了opt freq，优化好的参数在频率计算步骤的开始显示。

其它情况，需要自己找最后一步打印的结构。如果用直角坐标，需要人工排版，把核电荷数改成元素符号。也可以用Gaussview把结构另存。如果用z矩阵坐标，优化的结构参数在“Optimized Parameters”表格中。但是Gaussian的表格输出程序做的很繁琐，弄了很多画蛇添足的功能，导致数字的显示精度不够。这样的结构参数经常无法重复结果，所以最好到Z-MATRIX (ANGSTROMS AND DEGREES)输出部分找这些参数。或者编个程序，从优化好的直角坐标重新计算z矩阵参数。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
7楼2014-11-20 00:57:42
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