24小时热门版块排行榜    

查看: 865  |  回复: 10
当前主题已经存档。

hanbao

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】实例请教有机分子rietveld拟合与原子占位率问题!谢谢!!

再次呼唤热心虫友的出现了。
这是一个二肽类分子的拟合,利用reflex plus拟合,采用rietveld with energy方法,同时优化了结构与能量,用的是pcff的力场。
拟合的参数有:晶胞参数,峰型参数(UVW,NA,NB),preferred orientation(March-Dollase),背景系数,对称参数(Berar-Baldinozzi),仪器零点,温度因子,原子坐标,没有拟合原子占有率,

最后得到的质量品质为:Rwp:10.03%; Rwp(w/o bck):24.65%; Rp:7.5%

得到的结构很符合假设,氢键网络较全,也没有靠得很近的原子对。

拟合结果见下图:

参数如下:
Profile Function: Pseudo-Voigt  
U 2.45619
V -0.71714
W 0.06867
NA 0.71865
NB 0.00633

Zero Point -0.04270
Shift #1 -0.01301
Shift #2 1.04115

Asymmetry Correction: Berar-Baldinozzi
P1 -0.20738
P2 0.26403
P3 0.26317
P4 -0.56410

Preferred Orientation
a* 0.50405
b* 0.76018
c* -0.40994
R0 1.34694

Global Isotropic Temperature Factors
U 0.00854


先谢谢大家了,我本不是这个专业的,自己凭借软件爱好,觉得挺有意思,折腾了这个东西,但对结果也没有太多判断力,不知道这样的结果能否达到一般的拟合标准,是否就可以了,还有各种参数有没有离谱的地方,

希望能得到各位的慷慨帮助,谢谢!

[ Last edited by hanbao on 2008-5-18 at 13:42 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbao

银虫 (小有名气)

在线等,请大家多指导指导罗,
2楼2008-05-12 17:27:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mandyneu366

铜虫 (初入文坛)

用的什么软件?GSAS还是FULPRO?
3楼2008-05-12 18:35:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbao

银虫 (小有名气)

用的是materials studio 4.0,它里面含有reflex plus模块。
4楼2008-05-12 18:48:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

conifer

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

5楼2008-05-12 20:33:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbao

银虫 (小有名气)

原子坐标(Fractional Coordinates吧)我已经修了,忘加上去了,
但是原子占有率不知该怎么去精修,在reflex plus软件,可以进行此项精修,但如果我选中所有的原子,进行精修的话,虽然可以得到更低的Rwp值(7%),但原子占有率对每个原子来说偏差挺大,从0.3到1的都有,不知道这样合不合理,就没有去精修这一项,
请问一般精修原子占有率是将所有的原子都进行精修吗,还是选取部分原子?那又怎么去选,请多指点下,这一块找了很多资料一直没怎么理清楚,谢谢!
6楼2008-05-12 20:52:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbao

银虫 (小有名气)

to conifer:
这是将原子占有率拟合完之后的数据,请帮忙看一看合不合理,谢谢!
此外,Rwp值只有6.7%, Rp:4.0%, Rwp(w/o, bck):16.8,

No. Name Occupancy Refined?
1 H 0.99639 Yes
2 O 0.80647 Yes
3 H 1.00000 Yes
4 C1 0.85791 Yes
5 N1 1.00000 Yes
6 C2 1.00000 Yes
7 C3 0.60237 Yes
8 N2 0.61755 Yes
9 C4 0.78399 Yes
10 O1 0.65856 Yes
11 O2 0.42132 Yes
12 C5 1.00000 Yes
13 C6 1.00000 Yes
14 C7 0.90294 Yes
15 C8 0.59857 Yes
16 C9 0.98158 Yes
17 C10 0.98373 Yes
18 C11 0.72822 Yes
19 O3 0.26177 Yes
20 C12 0.43904 Yes
21 C13 0.48717 Yes
22 C14 0.71374 Yes
23 C15 0.30135 Yes
24 N3 0.70332 Yes
25 H1 0.92815 Yes
26 H2 1.00000 Yes
27 H3 0.70940 Yes
28 H4 0.89511 Yes
29 H5 1.00000 Yes
30 H6 1.00000 Yes
31 H7 0.83675 Yes
32 H8 0.87854 Yes
33 H9 1.00000 Yes
34 H10 0.99889 Yes
35 H11 0.97588 Yes
36 H12 1.00000 Yes
37 H13 0.92038 Yes
38 H14 0.48497 Yes
39 H15 0.99642 Yes
40 H16 1.00000 Yes
41 H17 0.93147 Yes
42 H18 0.56901 Yes
43 H19 1.00000 Yes
44 H20 0.52726 Yes
45 H21 1.00000 Yes
7楼2008-05-12 21:01:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbao

银虫 (小有名气)

自己顶一下,
8楼2008-05-14 10:46:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbao

银虫 (小有名气)

另外如果含有结晶水的话,一般该怎么去修?谢谢!
9楼2008-05-15 17:41:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dyp2009

铜虫 (初入文坛)

我前段时间也是想精修一个结构,但是怎么也搞不定把实验数据XRD导入MS中,请问你是如何做的!谢谢
10楼2008-05-17 19:09:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hanbao 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见