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肖吉_2014

铁杆木虫 (著名写手)

SHENGWU

应助: 10 (幼儿园)
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在线: 123.6小时
虫号: 2930377
注册: 2014-01-13
性别: GG
专业: 细胞信号转导

[交流] 生物信息软件问题求助已有1人参与

1.CLUSTALX 用PAM和Blosum替换矩阵形成的alignment 是否一致，为什么？
2 从IGF1R和GPCR的aligment看，各自分别有几个保守序列区域（Evolutionary Conserved Regions）？这些保守序列区域和IGF1R和GPCR蛋白的功能有何关系？
3.MEGA构建系统发生树如何选择建树方法？

大神们，求解答！！！！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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1楼2014-11-07 00:38:46

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Jocelyn93

金虫 (正式写手)

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专业: 生物信息学

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

当然不一致：一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸；BLOSUM：首先寻找氨基酸模式，即有意义的一段氨基酸片断（如一个结构域及其相邻的两小段氨基酸序列），分别比较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数据），然后，以所有 60％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM60；以所有80％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM80。