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肖吉_2014

铁杆木虫 (著名写手)

SHENGWU

[交流] 生物信息软件问题求助 已有1人参与

1.CLUSTALX 用PAM和Blosum替换矩阵形成的alignment 是否一致， 为什么？
2  从IGF1R和GPCR的aligment看， 各自分别有几个保守序列区域（Evolutionary Conserved Regions）？ 这些保守序列区域和IGF1R和GPCR蛋白的功能有何关系？
3.MEGA构建系统发生树如何选择建树方法？

大神们，求解答！！！！

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1楼 2014-11-07 00:38:46
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Jocelyn93

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
当然不一致：一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸；BLOSUM：首先寻找氨基酸模式，即有意义的一段氨基酸片断（如一个结构域及其相邻的两小段氨基酸序列） ，分别比较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数据），然后，以所有 60％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM60；以所有80％保守性的氨基酸模式之间的比 较数据为根据，产生BLOSUM80。
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2楼2014-11-11 20:41:02
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Jocelyn93

金虫 (正式写手)
还有参数选取问题，要选择适应于研究目的的，例如PAM250，BLOSUM62等等
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3楼2014-11-11 20:42:14
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肖吉_2014

铁杆木虫 (著名写手)

SHENGWU
引用回帖:
3楼: Originally posted by Jocelyn93 at 2014-11-11 20:42:14
还有参数选取问题，要选择适应于研究目的的，例如PAM250，BLOSUM62等等

涨姿势了👍

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4楼2014-11-12 07:20:36
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