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肖吉_2014

铁杆木虫 (著名写手)

SHENGWU

[交流] 生物信息软件问题求助 已有1人参与

1.CLUSTALX 用PAM和Blosum替换矩阵形成的alignment 是否一致, 为什么?
2  从IGF1R和GPCR的aligment看, 各自分别有几个保守序列区域(Evolutionary Conserved Regions)? 这些保守序列区域和IGF1R和GPCR蛋白的功能有何关系?
3.MEGA构建系统发生树如何选择建树方法?

大神们,求解答!!!!

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Jocelyn93

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
当然不一致:一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变,但这并不意味100次PAM后,每个氨基酸都发生变化,因为其中一些位置可能会经过多次突变,甚至可能会变回到原来的氨基酸;BLOSUM:首先寻找氨基酸模式,即有意义的一段氨基酸片断(如一个结构域及其相邻的两小段氨基酸序列) ,分别比较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性(某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数据),然后,以所有 60%保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据,产生BLOSUM60;以所有80%保守性的氨基酸模式之间的比 较数据为根据,产生BLOSUM80。
2楼2014-11-11 20:41:02
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Jocelyn93

金虫 (正式写手)

还有参数选取问题,要选择适应于研究目的的,例如PAM250,BLOSUM62等等
3楼2014-11-11 20:42:14
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肖吉_2014

铁杆木虫 (著名写手)

SHENGWU

引用回帖:
3楼: Originally posted by Jocelyn93 at 2014-11-11 20:42:14
还有参数选取问题,要选择适应于研究目的的,例如PAM250,BLOSUM62等等

涨姿势了👍

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-11-12 07:20:36
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