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keke_1210木虫 (小有名气)
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amber 配体各基团与受体之间的能量分析
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我是想算下配体小分子各基团与受体之间的自由能差，比较各个官能团的对药物修饰的差异，可是在网上查的好像只能用amber9。一直不太清楚amber开发为什么把anal这个程序包在amber10之后就给去掉了，觉得还挺有用的，也不知道amber12里有没有整合进这个功能，还有为什么给去掉了？对比了amber9和amber12手册的anal部分，对于anal的介绍都是相似的，amber12中，appendix中B GROUP Specification进行了介绍，挺纳闷的有介绍没程序。想问下各位在遇到此问题的时候是怎么解决的？ 看文献里，有人用namd将药物分子分成了几个fragment进行了与受体的能量分析。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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