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xulei00100

新虫 (初入文坛)

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专业: 植物学研究的新技术、新方

[交流] 高通量测序中miRNA如何命名？

我委托一生物公司做甘蔗小RNA高通量测序，生物信息学分析基本过程：过滤后的unique miRNA map到近源物种高粱基因组和甘蔗组装EST序列。然后与miRBase 数据库中所有植物的miRNA进行比对，给出结果如下；但存在一些疑问：这种以参考miRNA数据库比对得到的植物miRNA进行命名，结果较为复杂。有何种方法命名成像一些文章中所述结果那样？如按照物种全部统一命名为：ssp164a,ssp164b....,而不是像本结果中分别hit不同物种的164a，最后以不同物种的miRNA进行罗列。
miR_name                            miR_seq                               #mir/MIR mirIDs,
sbi-miR164a             TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA       1 sbi-MIR164d,
sbi-miR164a             TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA       1 sbi-MIR164a,
sbi-MIR164a-p3                   ATGGTTCTTCATGTGCCCATC       1 sbi-MIR164a,
zma-miR164a-5p_1ss21AG TGGAGAAGCAGGGCACGTGCG       2          zma-MIR164b,osa-MIR164b,
备注：The miR_name is composed of the 1st known miR name in a cluster, a underscore, and a matching annotation: such as
L-n means the miRNA_seq (detected) is n base less than known rep_miRSeq in the left  side;
R-n means the miRNA_seq (detected) is n base less than known rep_miRSeq in the right side;
L+n means the miRNA_seq (detected) is n base more than known rep_miRSeq in the left  side;
R+n means the miRNA_seq (detected) is n base more than known rep_miRSeq in the right side;
2ss5TC13TA means 2 substitutin (ss), which are T->C at position 5 and T->A at position 13
if there is no matching annotation, the miRNA_seq (detected) is exactly same as known rep_miRSeq.
New discovered 5p/3p sequence has been annotated as p3/p5: which is directly differentiate with the reported sequences,

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1楼 2014-10-14 08:52:50

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