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liumikewolf

金虫 (小有名气)

[交流] 以基因组DNA为模板,pcr扩增到的片段与测序标准株差别很大,原因?

以基因组DNA为模板,进行pcr扩增,电泳发现产物为单一的条带,大小与目地片段相当,测序发现该片段与测序标准株基因序列差别很大,原因是什么?是由于基因组本身与测序标准株有很大差别,还是pcr非特异性扩增到了错误的片段,或者是测序出了问题?该如何判断呢?主要是依据什么标准?请大家帮助!!!!!
[search]pcr[/search]
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liumikewolf

金虫 (小有名气)

扩增出来的序列在NCBI 上比对和需要的片段差别很大
4楼2008-04-30 09:04:15
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annwt

木虫 (正式写手)

在PCR扩增中,会产生错误,但是是有限的,不同的酶出错机会不等,如果作功能一般用高保真酶。
一般测序公司的测序反应也是PCR过程,出错几率应该不会影响结果分析。
在pcr中,貌似单一条代,实际条代是混合物,是多种物质,仅仅大小一样而已。
你的问题:
在从新找标准序列,分析差距是否可以接受。
与测序公司沟通,了解他们的技术路线。
实在没有结果只好再转化,再测序,也许你会有新的发现。
2楼2008-04-30 07:45:12
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greenspringmi

银虫 (正式写手)

是说这个片段以前扩增过,现在扩增的和以前的进行比对时发现差别很大啊;还是扩增出来的序列在NCBI 上比对和你需要的片段差别很大啊
3楼2008-04-30 08:02:32
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liumikewolf

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by annwt at 2008-4-30 07:45:
在PCR扩增中,会产生错误,但是是有限的,不同的酶出错机会不等,如果作功能一般用高保真酶。
一般测序公司的测序反应也是PCR过程,出错几率应该不会影响结果分析。
在pcr中,貌似单一条代,实际条代是混合物, ...

如何确定与标准序列差距是否可以接受?identity达到多大?
5楼2008-04-30 09:08:47
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