24小时热门版块排行榜    

查看: 586  |  回复: 5
当前主题已经存档。

liumikewolf

金虫 (小有名气)

[交流] 以基因组DNA为模板,pcr扩增到的片段与测序标准株差别很大,原因?

以基因组DNA为模板,进行pcr扩增,电泳发现产物为单一的条带,大小与目地片段相当,测序发现该片段与测序标准株基因序列差别很大,原因是什么?是由于基因组本身与测序标准株有很大差别,还是pcr非特异性扩增到了错误的片段,或者是测序出了问题?该如何判断呢?主要是依据什么标准?请大家帮助!!!!!
[search]pcr[/search]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annwt

木虫 (正式写手)

在PCR扩增中,会产生错误,但是是有限的,不同的酶出错机会不等,如果作功能一般用高保真酶。
一般测序公司的测序反应也是PCR过程,出错几率应该不会影响结果分析。
在pcr中,貌似单一条代,实际条代是混合物,是多种物质,仅仅大小一样而已。
你的问题:
在从新找标准序列,分析差距是否可以接受。
与测序公司沟通,了解他们的技术路线。
实在没有结果只好再转化,再测序,也许你会有新的发现。
2楼2008-04-30 07:45:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

greenspringmi

银虫 (正式写手)

是说这个片段以前扩增过,现在扩增的和以前的进行比对时发现差别很大啊;还是扩增出来的序列在NCBI 上比对和你需要的片段差别很大啊
3楼2008-04-30 08:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liumikewolf

金虫 (小有名气)

扩增出来的序列在NCBI 上比对和需要的片段差别很大
4楼2008-04-30 09:04:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liumikewolf

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by annwt at 2008-4-30 07:45:
在PCR扩增中,会产生错误,但是是有限的,不同的酶出错机会不等,如果作功能一般用高保真酶。
一般测序公司的测序反应也是PCR过程,出错几率应该不会影响结果分析。
在pcr中,貌似单一条代,实际条代是混合物, ...

如何确定与标准序列差距是否可以接受?identity达到多大?
5楼2008-04-30 09:08:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annwt

木虫 (正式写手)

如果是与NCBI上的序列有出入,那很正常,NCBI上的序列来源十分复杂,哪里的都可以登录,你在NCBI上找序列时注意一下序列的来源,多比对不同实验室来源的序列,再确定是否不同。
6楼2008-04-30 15:35:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liumikewolf 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 6/300 2026-11-05 18:11 by My20PsvIExYO
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-05 17:58 by My20PsvIExYO
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-05 17:58 by My20PsvIExYO
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 kvewwGtKktqB 2026-11-04 8/400 2026-11-05 17:47 by My20PsvIExYO
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 8/400 2026-11-05 17:38 by My20PsvIExYO
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-05 17:36 by My20PsvIExYO
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-05 17:36 by My20PsvIExYO
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 11/550 2026-11-05 17:36 by My20PsvIExYO
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 9/450 2026-11-05 17:26 by My20PsvIExYO
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 9/450 2026-11-05 17:25 by My20PsvIExYO
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 16/800 2026-11-05 17:25 by My20PsvIExYO
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 19/950 2026-11-05 17:25 by My20PsvIExYO
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 13/650 2026-11-05 17:15 by My20PsvIExYO
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-05 15:46 by My20PsvIExYO
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 10/500 2026-11-05 15:35 by My20PsvIExYO
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-05 15:24 by My20PsvIExYO
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 9/450 2026-11-05 15:13 by My20PsvIExYO
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-05 11:10 by PYZmcHr5kSaq
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-05 10:39 by PYZmcHr5kSaq
[基金申请] 各位基础老师们,看完中央《从严治党》的决定后,对学术界更加有信心了吧 +5 iaeyuan 2026-11-01 5/250 2026-11-04 14:43 by jinchengzi
信息提示
请填处理意见