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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 以基因组DNA为模板，pcr扩增到的片段与测序标准株差别很大，原因？
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liumikewolf

金虫 (小有名气)

[交流] 以基因组DNA为模板，pcr扩增到的片段与测序标准株差别很大，原因？

以基因组DNA为模板，进行pcr扩增，电泳发现产物为单一的条带，大小与目地片段相当，测序发现该片段与测序标准株基因序列差别很大，原因是什么？是由于基因组本身与测序标准株有很大差别，还是pcr非特异性扩增到了错误的片段，或者是测序出了问题？该如何判断呢？主要是依据什么标准？请大家帮助！！！！！
[search]pcr[/search]
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1楼 2008-04-29 22:50:22
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annwt

木虫 (正式写手)
在PCR扩增中，会产生错误，但是是有限的，不同的酶出错机会不等，如果作功能一般用高保真酶。
一般测序公司的测序反应也是PCR过程，出错几率应该不会影响结果分析。
在pcr中，貌似单一条代，实际条代是混合物，是多种物质，仅仅大小一样而已。
你的问题：
在从新找标准序列，分析差距是否可以接受。
与测序公司沟通，了解他们的技术路线。
实在没有结果只好再转化，再测序，也许你会有新的发现。
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2楼2008-04-30 07:45:12
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greenspringmi

银虫 (正式写手)
是说这个片段以前扩增过，现在扩增的和以前的进行比对时发现差别很大啊；还是扩增出来的序列在NCBI 上比对和你需要的片段差别很大啊
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3楼2008-04-30 08:02:32
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liumikewolf

金虫 (小有名气)
扩增出来的序列在NCBI 上比对和需要的片段差别很大
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4楼2008-04-30 09:04:15
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liumikewolf

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by annwt at 2008-4-30 07:45:
在PCR扩增中，会产生错误，但是是有限的，不同的酶出错机会不等，如果作功能一般用高保真酶。
一般测序公司的测序反应也是PCR过程，出错几率应该不会影响结果分析。
在pcr中，貌似单一条代，实际条代是混合物， ...

如何确定与标准序列差距是否可以接受？identity达到多大？
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5楼2008-04-30 09:08:47
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annwt

木虫 (正式写手)
如果是与NCBI上的序列有出入，那很正常，NCBI上的序列来源十分复杂，哪里的都可以登录，你在NCBI上找序列时注意一下序列的来源，多比对不同实验室来源的序列，再确定是否不同。
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6楼2008-04-30 15:35:45
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