24小时热门版块排行榜    

查看: 557  |  回复: 2

syn1985

木虫 (正式写手)

[求助] 要表达的蛋白 基因序列扩出两个长度的正确片段 给跪了 求问各位大神 已有1人参与

小虫是做丝状真菌基因表达的,前一段时间做了个基因,用一对引物从mRNA中扩增出来了两个片段A和B,就全部连接到T载体上送去测序,本想着有一个肯定是错配,结果测序结果发现A和B都是目的片段,引物都可以比对上,只是A比B少剪切了一段序列,长度在200bp(在5‘端),我将这两段序列用软件翻译了一下,编码框不一样:A是+3 B是+1,两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样,其他都一样,用NCBI找了保守区也是相同的。
我现在不知道应该尝试表达哪一段序列,这两段不太一样的序列又说明了什么
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dehong1573

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
syn1985: 金币+2 2014-10-07 10:17:41
1. 你确定编码框不一样而两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样其他都一样?因为读码方式的不一样会直接导致完全不一样的翻译结果;
2. 无论这两个片段的编码方式是否一致,也只是你预测的,只可作为参考;
3. 估计是你mRNA里面混有DNA污染,长片段包含有内含子;
科学永无止境,只有合作共享才能更好地……
2楼2014-10-07 08:08:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dehong1573 at 2014-10-07 08:08:39
1. 你确定编码框不一样而两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样其他都一样?因为读码方式的不一样会直接导致完全不一样的翻译结果;
2. 无论这两个片段的编码方式是否一致,也只是你预测的,只可作为参考;
3. 估计 ...

1. 我用NCBI预测后发现确实只有N端20个aa不一样
2. 如果用基因组直接扩增,片段要比长的那条再长300bp, 所以不存在基因组污染
我查找文献,很多文献都有说是培养环境的不同,mRNA的剪切机制不同,有不同长度的片段存在,我从PCR的结果来看,A片段也就是长的片段量比B大很多,(他们在引物部分是完全一样的),我现在困惑的是我该表达哪一个基因,还是两个都做算了
3楼2014-10-07 10:17:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 syn1985 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 炎黄贵胄 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见