24小时热门版块排行榜    

查看: 496  |  回复: 2

syn1985

木虫 (正式写手)

[求助] 要表达的蛋白 基因序列扩出两个长度的正确片段 给跪了 求问各位大神 已有1人参与

小虫是做丝状真菌基因表达的,前一段时间做了个基因,用一对引物从mRNA中扩增出来了两个片段A和B,就全部连接到T载体上送去测序,本想着有一个肯定是错配,结果测序结果发现A和B都是目的片段,引物都可以比对上,只是A比B少剪切了一段序列,长度在200bp(在5‘端),我将这两段序列用软件翻译了一下,编码框不一样:A是+3 B是+1,两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样,其他都一样,用NCBI找了保守区也是相同的。
我现在不知道应该尝试表达哪一段序列,这两段不太一样的序列又说明了什么
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dehong1573

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
syn1985: 金币+2 2014-10-07 10:17:41
1. 你确定编码框不一样而两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样其他都一样?因为读码方式的不一样会直接导致完全不一样的翻译结果;
2. 无论这两个片段的编码方式是否一致,也只是你预测的,只可作为参考;
3. 估计是你mRNA里面混有DNA污染,长片段包含有内含子;
科学永无止境,只有合作共享才能更好地……
2楼2014-10-07 08:08:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dehong1573 at 2014-10-07 08:08:39
1. 你确定编码框不一样而两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样其他都一样?因为读码方式的不一样会直接导致完全不一样的翻译结果;
2. 无论这两个片段的编码方式是否一致,也只是你预测的,只可作为参考;
3. 估计 ...

1. 我用NCBI预测后发现确实只有N端20个aa不一样
2. 如果用基因组直接扩增,片段要比长的那条再长300bp, 所以不存在基因组污染
我查找文献,很多文献都有说是培养环境的不同,mRNA的剪切机制不同,有不同长度的片段存在,我从PCR的结果来看,A片段也就是长的片段量比B大很多,(他们在引物部分是完全一样的),我现在困惑的是我该表达哪一个基因,还是两个都做算了
3楼2014-10-07 10:17:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 syn1985 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工(085600)296求调剂 +3 稻妻小编 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by mmm just
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +4 哈哈157349 2026-03-21 4/200 2026-03-26 08:54 by wo93872ni
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +4 18419759900 2026-03-25 4/200 2026-03-26 08:53 by zhyzzh
[考研] 一志愿哈工大,085400,320,求调剂 +4 gdlf9999 2026-03-24 4/200 2026-03-25 23:01 by boxking200
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 各位老师您好:本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 318求调剂 +5 plum李子 2026-03-21 8/400 2026-03-25 09:26 by aa331100
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生(材料、化学、电化学,环境) +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +6 NIFFFfff 2026-03-20 6/300 2026-03-24 21:02 by hello七七
[考研] 070300化学求调剂 +9 苑豆豆 2026-03-20 9/450 2026-03-24 17:15 by licg0208
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 384求调剂 +3 子系博 2026-03-22 6/300 2026-03-23 21:45 by 子系博
[考研] 一志愿武理材料工程348求调剂 +6  ̄^ ̄゜汗 2026-03-19 9/450 2026-03-23 19:53 by pswait
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap- 2026-03-22 9/450 2026-03-23 12:57 by yqdszhdap-
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考研] 南京大学化学376求调剂 +3 hisfailed 2026-03-19 6/300 2026-03-20 23:43 by hisfailed
[考研] 261求B区调剂,科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
信息提示
请填处理意见