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syn1985

木虫 (正式写手)

[求助] 要表达的蛋白 基因序列扩出两个长度的正确片段 给跪了 求问各位大神 已有1人参与

小虫是做丝状真菌基因表达的,前一段时间做了个基因,用一对引物从mRNA中扩增出来了两个片段A和B,就全部连接到T载体上送去测序,本想着有一个肯定是错配,结果测序结果发现A和B都是目的片段,引物都可以比对上,只是A比B少剪切了一段序列,长度在200bp(在5‘端),我将这两段序列用软件翻译了一下,编码框不一样:A是+3 B是+1,两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样,其他都一样,用NCBI找了保守区也是相同的。
我现在不知道应该尝试表达哪一段序列,这两段不太一样的序列又说明了什么
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dehong1573

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
syn1985: 金币+2 2014-10-07 10:17:41
1. 你确定编码框不一样而两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样其他都一样?因为读码方式的不一样会直接导致完全不一样的翻译结果;
2. 无论这两个片段的编码方式是否一致,也只是你预测的,只可作为参考;
3. 估计是你mRNA里面混有DNA污染,长片段包含有内含子;
科学永无止境,只有合作共享才能更好地……
2楼2014-10-07 08:08:39
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dehong1573 at 2014-10-07 08:08:39
1. 你确定编码框不一样而两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样其他都一样?因为读码方式的不一样会直接导致完全不一样的翻译结果;
2. 无论这两个片段的编码方式是否一致,也只是你预测的,只可作为参考;
3. 估计 ...

1. 我用NCBI预测后发现确实只有N端20个aa不一样
2. 如果用基因组直接扩增,片段要比长的那条再长300bp, 所以不存在基因组污染
我查找文献,很多文献都有说是培养环境的不同,mRNA的剪切机制不同,有不同长度的片段存在,我从PCR的结果来看,A片段也就是长的片段量比B大很多,(他们在引物部分是完全一样的),我现在困惑的是我该表达哪一个基因,还是两个都做算了
3楼2014-10-07 10:17:37
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