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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » 要表达的蛋白 基因序列扩出两个长度的正确片段 给跪了 求问各位大神
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syn1985

木虫 (正式写手)

[求助] 要表达的蛋白 基因序列扩出两个长度的正确片段 给跪了 求问各位大神 已有1人参与

小虫是做丝状真菌基因表达的，前一段时间做了个基因，用一对引物从mRNA中扩增出来了两个片段A和B，就全部连接到T载体上送去测序，本想着有一个肯定是错配，结果测序结果发现A和B都是目的片段，引物都可以比对上，只是A比B少剪切了一段序列，长度在200bp（在5‘端），我将这两段序列用软件翻译了一下，编码框不一样：A是+3 B是+1，两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样，其他都一样，用NCBI找了保守区也是相同的。
我现在不知道应该尝试表达哪一段序列，这两段不太一样的序列又说明了什么
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1楼 2014-10-04 14:37:09
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syn1985

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dehong1573 at 2014-10-07 08:08:39
1. 你确定编码框不一样而两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样其他都一样？因为读码方式的不一样会直接导致完全不一样的翻译结果；
2. 无论这两个片段的编码方式是否一致，也只是你预测的，只可作为参考；
3. 估计 ...

1. 我用NCBI预测后发现确实只有N端20个aa不一样
2. 如果用基因组直接扩增，片段要比长的那条再长300bp， 所以不存在基因组污染
我查找文献，很多文献都有说是培养环境的不同，mRNA的剪切机制不同，有不同长度的片段存在，我从PCR的结果来看，A片段也就是长的片段量比B大很多，（他们在引物部分是完全一样的），我现在困惑的是我该表达哪一个基因，还是两个都做算了
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3楼2014-10-07 10:17:37
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dehong1573

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
syn1985: 金币+2 2014-10-07 10:17:41
1. 你确定编码框不一样而两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样其他都一样？因为读码方式的不一样会直接导致完全不一样的翻译结果；
2. 无论这两个片段的编码方式是否一致，也只是你预测的，只可作为参考；
3. 估计是你mRNA里面混有DNA污染，长片段包含有内含子;
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科学永无止境,只有合作共享才能更好地……
2楼2014-10-07 08:08:39
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