24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

txcokokok

木虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 26.8
散金: 1578
红花: 6
帖子: 162
在线: 29.1小时
虫号: 2071953
注册: 2012-10-19
性别: GG
专业: 金属材料的力学行为

[交流] vasp 5.2 安装过程 (串行+并行）+(32位+64位) + ifort +intel MKL+ openmpi已有21人参与

刚刚接触linux,第一次在小木虫上发帖子，写一下自己安装的详细步骤，以供初学者参考。我自己各种baigooledu,装了8天才装好，希望这个帖子能帮别人少走弯路，如果都按我这样安装应该不会出什么问题，一天就搞定了。为了初学者考虑，很多地方写的比较罗嗦，大牛们别喷，如果哪里写的不对还请及时指正，多谢多谢！！

#系统：Ubuntu 12.04 32位和64位都成功了，这是经过intel公司测试的系统，或者11.10，在ifort安装包中有说明文件，其他ifort版本建议安装说明书中的系统，否则可能会因为不兼容，出现base.f90之类的错误。
#Fortran: ifort:parallel_studio_xe_2013_update2,可在官网：software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/下载，或者在百度网盘下载：http://pan.baidu.com/s/1o6sPd8m 。
#Intel 的 MKL
#openmpi
#VASP 5.2.2
（在4.6上也编译成功了，过程基本一致，但makefile文件有所不同，在最后贴出，不同版本请不要混用。）

###############初学者知识普及##################
#ifort,gfortran,pgifortran 是一类的。
（选一个安装就好了，其中ifort（Intel fortran composer通常自带compiler和MKL库。
附：gfortran安装：sudo apt-get install gfortran；通过命令“gfortran -v”，可以查看
   gfortran是否安装成功。
   参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6dd65c6f0100y793.html

#Intel 的 MKL和GotoBlas，ATLAS 是一类的。
（也可都不安装，使用VASP自带数据库）

#vasp自带的fft和fftw是一类的

##################安装过程#####################
建议使用root账户安装所有文件，步骤：
1.获取root权限：sudo passwd root，按提示输入密码
2.sudo su
3.若已使用root账户，但安装过程仍提示没有权限，可用该命令获取运行读写文件权限：chmod -R +rwx 目录
4.如需修改根目录/下的文件，除了root后使用vi 或 vim 编辑器；还可以使用nautilus命令打开一个root账户的主窗口，享有读写保存任何文件的权限。普通账户使用sudo nautilus。

一.环境包
1.以下软件需要自行安装
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install gcc-multilib
sudo apt-get install libstdc++5
sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless

以下为12.04系统默认自带，建议检查，使用g++ -v之类的代码；注意gcc和g++的版本应一致。
sudo apt-get install g++

参考:
1.http://blog.163.com/fj_ltls/blog/static/138027111201063184339602/
2.http://www.linuxidc.com/Linux/2012-07/65070.htm

以下视情况安装。
#安装amd64版本的编译器也需要一些32位库支持，使用命令安装：
sudo apt-get install ia32-libs
sudo apt-get install lib32stdc++6
sudo apt-get install libc6-dev-i386
sudo apt-get install g++-multilib

二.安装inter fortran compiler 2013
1.cd 目录
2../install.sh
3.ENTER
4.view license,一路空格，最后accept
5.Alternative activation, use a license file, provide the full path, 输入：目录/lic文件名（具体内容可能有出入）
6.可选择Typical Install全部安装，或只安装inter fortran composer, 安装包具体内容可参考说明文件。
7.目录已存在，因为里面放了刚才的lic文件，所以无所谓，overwrite yes。后面省略，安装完成。
8.加入环境路径，使用刚才提到的nautilus命令，打开主窗口，在主目录下（通常为/home/你的用户名，也就是打开终端时显示的路径)按ctrl+h,显示隐藏文件，打开.bashrc, 在最后插入

source /opt/intel/bin/ifortvars.sh ia32
source /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/bin/mklvars.sh ia32

（根据情况改代码目录，32位用ia32, 64位用intel64。intel文件夹中会有多个ifortvars.sh文件，bin目录下是一个索引之类的文件，composer_xe_2013.2.146目录下的则只有一句路径代码，选择bin下的也会指到composer_xe_2013.2.146去，所以选择哪个无太大关系。）
9.cd 主目录，source .bashrc （以后若出现 make：找不到ifort，gfortran 命令、文件之类的，再source .bashrc一下就好了）
10.验证：which ifort显示路径;
测试：新建文本文档，文件名hello.f90，文本如下：
program main
write(*,*) "hello"
stop
end
终端输入：cd 目录，ifort -o hello hello.f90，运行./hello, 出现hello.

三.安装fftw
(奔腾4以上机子可以提速，具体请自行测试；这里提供安装方法，也可不用，vasp中已包含fft)
1.下载：http://www.fftw.org/
2.解压
3.cd 目录
4. ./configure --prefix=目录
5.make
6.make install
7.把fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.2文件夹下

参考：
1：http://wangzongguo122.blog.163.c ... 122012111393011404/
2.http://www.linuxidc.com/Linux/2007-04/3529p2.htm

以下提供串行和并行两种安装方法，内容没有联系，选择一种即可。
#################串行安装方法###############
四.安装vasp 5.2
（重要：每次修改了makefile.linux_ifc_P4后，建议删掉整个5.2或者5.lib的文件夹重新插入makefile.linux_ifc_P4；5.2的文件夹还需插入fftw3.f；或者使用命令清除结果文件，具体命令自学）
1.下载，解压
2.修改 vasp.5.lib 下的makefile.linux_ifc_P4文件，FC=ifc改为 FC=ifort
3.cd 主目录(/home/txc), source .bashrc
4. cd vasp.5.lib目录
5.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
6.make（成功应生成libdmy.a)

7.修改 vasp.5.2 下的makefile.linux_ifc_P4文件 (-L：指定lib库路径，-l：指定库文件名,具体目录自行修改)
FC=ifort

BLAS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core
（BLAS有多处，根据mkl还是gotoblas具体修改；四个库文件顺序有一定要求，名字根据情况修改，若改错了可能会报 undefined reference 的错误）

LAPACK=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32  -lmkl_intel -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core

FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /home/txc/install/fftw-3.3.4/lib/libfftw3.a
(用#注释掉其他同类项）

8.cd 主目录(/home/txc),source .bashrc
9.把fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.2文件夹下
10.cd vasp.5.2目录
11.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
make（成功应生成名为 vasp 的可执行程序)

#################并行安装方法###############
五.安装openmpi
1.下载:http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.8/
2.解压
  cd 主目录 /home/txc , source .bashrc
3.cd 目录
4. ./configure --prefix=目录 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
（若不加 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort ，则用gcc编译）
5.make all install
6.在openmpi目录下新建一个openmpi.sh ，内容如下，目录自改

export PATH=/home/txc/install/openmpi-1.8.2/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/txc/install/openmpi-1.8.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPAH=/home/txc/install/openmpi-1.8.2/share/man:$MANPATH

然后在.bashrc最后插入
source /home/txc/install/openmpi-1.8.2/openmpi.sh
7.cd 主目录(/home/txc), source .bashrc
（路径加入bashrc后，每次启用当前账户都会自动添加路径，但每次切到root账户后需再次输入source .bashrc，否则会报gfortran 找不到文件的错误）
检验：
1.$echo $PATH
   $echo $LD_LIBRARY_PATH
结果中显示有刚才的bin和lib路径则为配置成功
2.which mpirun
应显示/home/txc/install/openmpi-1.8.2/bin/mpirun 之类
3.切换到普通账户，以免提示root账户会修改系统文件的问题
      cd 目录/examples
      make
   mpirun -np 2 hello_c （2为双核）
   应出现：
Hello, world, I am 0 of 2
Hello, world, I am 1 of 2

参考：
1.http://blog.sina.com.cn/s/blog_8f86de6b0101ayav.html

六.VASP设置
1.修改5.lib的makefile.linux_ifc_P4
FC=ifc 改为 FC=ifort
FFLAGS = -O0 -FI 改为 FFLAGS = -O2 -FI
2.cd 主目录(/home/txc),source .bashrc
  cd lib目录
  cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
  make（成功应生成libdmy.a)

3.修改5.2的makefile.linux_ifc_P4
（没有提到的可保持原样，同个位置的blas 和lapack注意注释掉其它的同类项）
FC=ifc 改为 FC=ifort
OFLAG=-O3 改为 OFLAG=-O3 -xhost -ip -funroll-loops

32：BLAS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core
64：BLAS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core

32：LAPACK=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32  -lmkl_intel  -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core
64：LAPACK=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core

若用vasp自带的fft:FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o （建议先用自带的测试，成功再使用fftw，以免出问题不知是否是fftw安装出错）
若用fftw:FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /home/txc/install/fftw-3.3.4/lib/libfftw3.a

FC=mpif77 改为 FC=mpif90

去掉以下代码的#
FCL=$(FC)

CPP = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
-Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ 改为 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \
-DMPI_BLOCK=8000 改为 -DMPI_BLOCK=500  \

BLACS=$(HOME)/archives/SCALAPACK/BLACS/
SCA_=$(HOME)/archives/SCALAPACK/SCALAPACK

SCA= $(SCA_)/libscalapack.a  \
$(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a

LIB    = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o  \
   $(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)

若用vasp自带的fft: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o
若用fftw: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/txc/install/fftw-3.3.4/lib/libfftw3.a
4.把fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.2文件夹下
  cd 主目录(/home/txc),source .bashrc
  cd 5.2目录
  cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
  make（成功应生成名为 vasp 的可执行程序)

参考：
1.vasp 标准安装文档：
http://wenku.baidu.com/link？url=QKGImmk0_iKGpieLKAimZ1kqOI3d4Zw_KUhT9iW1Qm6ipc4TjiO9KF6_ZycoP66crMsEL_6pjj1mbII1C1U5IcB4aw_fj72Qte2OdTiKuy_
2.曙光HPC调试手册
http://www.docin.com/p-570224760.html
（这是卖软件的人写的安装教程，4.6的，比较权威，可惜没早看到）
3.相关软件和makefile文件：http://yun.baidu.com/share/link? ... amp;amp;uk=85263699

修订：
五.安装openmpi
export MANPAH=/home/txc/install/openmpi-1.8.2/share/man:$MANPATH
MANPAH 改为MANPATH
export MANPATH=/home/txc/install/openmpi-1.8.2/share/man:$MANPATH

[ Last edited by txcokokok on 2014-10-20 at 10:13 ]

回复此楼