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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP运行错误
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diyiyuanli

银虫 (小有名气)

[求助] VASP运行错误已有1人参与

信息：
VERY BAD NEWS! internal error in subroutine SGRCON:
Found some non-integer element in rotation matrix
-------------------------------------------------------------------
POSCAR文件
co666\(0\0\1)slab
1.0
        7.1065998077         0.0000000000         0.0000000000
       -3.5532824496         3.5532824496         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        17.3299999237
   Co
   16
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.102519996  F F F
     0.000000000         0.000000000         0.307559997  T T T
     0.250000000         0.000000000         0.000000000  F F F
     0.250000000         0.000000000         0.205039993  T T T
     0.500000000         0.000000000         0.102519996  F F F
     0.500000000         0.000000000         0.307559997  T T T
     0.750000000         0.000000000         0.000000000  F F F
     0.750000000         0.000000000         0.205039993  T T T
     0.000000000         0.500000000         0.102519996  F F F
     0.000000000         0.500000000         0.307559997  T T T
     0.250000000         0.500000000         0.000000000  F F F
     0.250000000         0.500000000         0.205039993  T T T
     0.500000000         0.500000000         0.102519996  F F F
     0.500000000         0.500000000         0.307559997  T T T
     0.750000000         0.500000000         0.000000000  F F F
     0.750000000         0.500000000         0.205039993  T T T
-------------------------------------------------------------------------------------
INCAR文件
SYSTEM=co
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
ENCUT=400
EDIFF=1E-4
EDIFFG=-0.05
GGA=RP
NSW=200
POTIM=0.3
LREAL=Auto
IBRION=2
ISPIN=2
VOSKOWN=1
ISIF=2
-----------------------------------------------------------------
KPOINT文件
Automatic generation
0
Monkhorst-Pack
8 8 1
0 0 0
-------------------------------------------------------------------
已经修改过K点设置。
谢谢！！
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理论计算很有意思！
1楼2014-09-23 18:35:18
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
diyiyuanli: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-09-23 20:53:22
相當有趣的問題

最簡單的解決方法是
在 INCAR 內加入 ISYM=0
使 VASP 不要去偵測結構對稱性
但~這方法還挺不建議的

另一種作法
把原本的 lattice constant and lattice vectors 設定
co666\(0\0\1)slab
1.0
        7.1065998077         0.0000000000         0.0000000000
       -3.5532824496         3.5532824496         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        17.3299999237
   Co
   16

改成
co666\(0\0\1)slab
3.5532824496
        2.0000000000         0.0000000000         0.0000000000
       -1.0000000000         1.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000         4.8771805139
   Co
   16

如此一?韣VASP就能找到正確的對稱群了
赞一下 回复此楼
2楼2014-09-23 20:09:22
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diyiyuanli

银虫 (小有名气)
这个问题刚刚解决了！
导入数据的过程如下：MS导出cif文件，由VESTA打开再导出vasp文件，然后将vasp文件导入服务器。
其中的错误在于：-3.5532824496         3.5532824496         0.0000000000
切的格子为45+135的，该行的正确坐标应该是：0.0000000000  5.02510000  0.0000000000
这个意思是坐标发生了变化！！进而出现了问题中的错误！
希望这个问题的发现能给大家带了一定的警示作用，导出坐标后要仔细检查。
谢谢！
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理论计算很有意思！
3楼2014-09-23 20:10:40
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diyiyuanli

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2014-09-23 20:09:22
相當有趣的問題

最簡單的解決方法是
在 INCAR 內加入 ISYM=0
使 VASP 不要去偵測結構對稱性
但~這方法還挺不建議的

另一種作法
把原本的 lattice constant and lattice vectors 設定
co666\(0\0\1)slab ...

你是高人啊！我刚有些急，直接回了自己的帖子。
现在又出来了一个问题，怎么判断自己得到POSCAT文件的合理性？
我得到POSCAR
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理论计算很有意思！
4楼2014-09-23 20:59:50
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diyiyuanli

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2014-09-23 20:09:22
相當有趣的問題

最簡單的解決方法是
在 INCAR 內加入 ISYM=0
使 VASP 不要去偵測結構對稱性
但~這方法還挺不建議的

另一種作法
把原本的 lattice constant and lattice vectors 設定
co666\(0\0\1)slab ...

我得到POSCAR的方法是根据太原理工大学量子化学课题组的方法，即：cif方法。MS导出，VESTA导入再导出得到vasp文件。然后，可以用UE软件编辑等。
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理论计算很有意思！
5楼2014-09-23 21:01:34
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-09-24 15:14:57
"怎么判断自己得到 POSCAR 文件的合理性？"

嗯...............
這.....................
我只能說........
把固態物理學好最重要

比方你這個例子
看起?砟闼坪跏且� Co(001) surface structure
你就必須要知道
1. Co 的 bulk 是 HCP 結構，其 a1, a2, a3, c 分別為多少
   三個 lattice vector 夾角為多少
2. 因為要做 001 面 (應該要叫做 0001 面，因為 HCP structure 會有四個 index)
    所以要知道，HCP(0001) 是 ABABAB...  stacking
    所以要知道，surface lattice vectors 的夾角為 60 度
3. 知道了夾角 60 度  
    surface lattice vector 可以好幾種選擇
4. 必須要知道你要做的是 unit cell 還是 supercell
5. 必須要知道層與層之間的距離

知道以上這些....
就可以判斷做出?淼� POSCAR 是否合理...............

   
不過~說真的
如果你對以上這五點都了解了
那你也不需要用 "太原理工大学量子化学课题组的方法"
POSCAR ~ 就直接可以 key 出?砹�
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diyiyuanli
6楼2014-09-23 22:13:29
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gaarakingBMY

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2014-09-23 20:09:22
相當有趣的問題

最簡單的解決方法是
在 INCAR 內加入 ISYM=0
使 VASP 不要去偵測結構對稱性
但~這方法還挺不建議的

另一種作法
把原本的 lattice constant and lattice vectors 設定
co666\(0\0\1)slab ...

您好，请问这样的两种写法不是一样的么？两者有什么区别呢？
co666\(0\0\1)slab
1.0
        7.1065998077         0.0000000000         0.0000000000
       -3.5532824496         3.5532824496         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        17.3299999237
   Co
   16

改成
co666\(0\0\1)slab
3.5532824496
        2.0000000000         0.0000000000         0.0000000000
       -1.0000000000         1.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000         4.8771805139
   Co
   16
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7楼2014-09-23 23:10:07
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gaarakingBMY at 2014-09-23 23:10:07
您好，请问这样的两种写法不是一样的么？两者有什么区别呢？
co666\(0\0\1)slab
1.0
        7.1065998077         0.0000000000         0.0000000000
       -3.5532824496         3.5532824496         0. ...

以結構?碚f
這兩者是一模一樣的

但~對於程式而言 (VASP)
處理的結果 "可能" 會不完全一樣
細部內容要看 VASP source code 才能知曉
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gaarakingBMY
8楼2014-09-24 02:58:44
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gaarakingBMY

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by jpchou at 2014-09-24 02:58:44
以結構?碚f
這兩者是一模一樣的

但~對於程式而言 (VASP)
處理的結果 "可能" 會不完全一樣
細部內容要看 VASP source code 才能知曉...

好的，谢谢您！
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9楼2014-09-24 08:27:57
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diyiyuanli

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jpchou at 2014-09-23 22:13:29
"怎么判断自己得到 POSCAR 文件的合理性？"

嗯...............
這.....................
我只能說........
把固態物理學好最重要

比方你這個例子
看起?砟闼坪跏且� Co(001) surface structur ...

谢谢!!
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10楼2014-09-24 08:53:23
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