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Lammps运行结果问题！无数据，出现nan！ 已有1人参与
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本人在进行能量优化的时候，有输出的结果但是输出的数据都为nan,不知道是什么回事，请各位大神指点迷津！ 以下为相应的in文件 #------模拟环境初始化------ boundary p p p #边界周期性设定，自由非周期、自由非周期、自由非周期 units real #模型单元模式设定为real dimension 3 #几何维度设定为3D atom_style full #原子模式设定为full neighbor 2.0 bin #设定neighbor截断半径-力场截断半径（类似MS中Buffer width） #------微观模型的建立------ # 定义原子结构 pair_style lj/class2/coul/cut 10.0 10.0 #设定PCFF势函数的对势（类似MS中的Nonbond potential）信息：对势包含相互作用为范德华力和库仑力，范德华力和库仑力截断半径（类似MS中Cutoff distance） bond_style class2 angle_style class2 dihedral_style class2 improper_style class2 read_data ../bench/WJ/PP.lammps05 #------设置原子相关参数------ velocity all create 500 102486 rot yes dist & gaussian units box #------动力学设置------ # 能量优化 fix NPT all npt temp 500.0 500.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0 compute pe all pe variable en equal c_ke+c_pe fix 1 all ave/time 1 10000 10000 c_temp c_ke c_pe v_en file ../bench/WJ/data/relax_PE20.dat1 minimize 1.0e-7 0 1000000 1000000 thermo 100000 thermo_modify lost warn timestep 1 run 1000000 运行结果： LAMMPS (8 Jul 2013) Scanning data file ... 1 = max bonds/atom 6 = max angles/atom 9 = max dihedrals/atom 4 = max impropers/atom Reading data file ... orthogonal box = (0 0 0) to (39.0755 39.0755 39.0755) 1 by 2 by 2 MPI processor grid 7320 atoms 7260 bonds 14400 angles 21060 dihedrals 9600 impropers Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... 4 = max # of 1-2 neighbors 6 = max # of 1-3 neighbors 12 = max # of 1-4 neighbors 16 = max # of special neighbors WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173) Setting up minimization ... Memory usage per processor = 20.985 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 0 500 43041.617 45689.834 99639.726 200249.35 59664.174 236 500 8978.4944 9795.6924 29682.461 64908.573 59664.174 Loop time of 40.9642 on 4 procs for 236 steps with 7320 atoms Minimization stats: Stopping criterion = energy tolerance Energy initial, next-to-last, final = 88731.4515056 18774.1886865 18774.1868369 Force two-norm initial, final = 3071.24 323.327 Force max component initial, final = 870.624 81.8178 Final line search alpha, max atom move = 1.5559e-08 1.273e-06 Iterations, force evaluations = 236 548 Pair time (%) = 22.6427 (55.2744) Bond time (%) = 7.31013 (17.8451) Neigh time (%) = 0.33576 (0.819642) Comm time (%) = 10.531 (25.7078) Outpt time (%) = 0 (0) Other time (%) = 0.144612 (0.353019) Nlocal: 1830 ave 2187 max 1564 min Histogram: 1 0 1 0 1 0 0 0 0 1 Nghost: 13004 ave 13494 max 12423 min Histogram: 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 Neighs: 819009 ave 1.10617e+06 max 669830 min Histogram: 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1 Total # of neighbors = 3276035 Ave neighs/atom = 447.546 Ave special neighs/atom = 11.6721 Neighbor list builds = 7 Dangerous builds = 0 Setting up run ... Memory usage per processor = 19.4735 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 236 500 8978.4944 9795.6924 29682.461 64908.573 59664.174 100000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 200000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 300000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 400000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 500000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 600000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 700000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 800000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 900000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 1000000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 1000236 -nan 0 -nan -nan -nan -nan Loop time of 22495.5 on 4 procs for 1000000 steps with 7320 atoms  2.png |
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2楼2014-09-25 09:43:25
3楼2014-09-28 09:00:41
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请问lj势用的时候可以不涉及到具体的原子么？两种类型的原子该怎么写呢？我先用了具体的原子这样写的 # LJ 12-6 system with npt ensemble units lj atom_style atomic boundary p p p lattice fcc 1.073 lattice fcc 0.8 region box block 0 10 0 5 0 5 create_box 2 box create_atoms 1 box create_atoms 2 box mass 1 1.0 mass 2 1.0 velocity all create 0.01 872877 timestep 0.01 dump 1 all xyz 1000 lj.xyz pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 pair_coeff 2 2 1.6 1.1765 2.5 pair_coeff 1 2 0.2 1.0882 2.5 #pair_modify shift yes mix geometric neighbor 0.3 bin neigh_modify every 10 delay 0 check yes thermo 1000 fix 1 all npt temp 0.01 0.01 1.00 iso 0.0024 0.0024 100.0 run 50000 unfix 1 thermo 1000 运行结果总出现nan怎么回事？不用具体的原子怎么写代码呢？ 新手跪谢！！！！ |
4楼2017-04-15 21:43:32
5楼2018-11-10 11:11:56